公務預算科職掌如下：
1.本部主管與單位概（預）算之籌編、審核事項
2.本部與所屬機關(構)追加預算、特別預算之籌編及審核事項
3.本部所屬機關(構)分配預算、修改分配之審核及核轉事項
4.本部所屬機關(構)動支第一預備金、動支第二預備金及專案動支款項之審核及核轉事項
5.本部所屬機關(構)公務預算保留案件之審核及核轉事項
6.本部駐外教育單位概(預)算之籌編、審查及額度轉知、分配預算之彙編、修改事項
7.本部駐外教育單位經費之核簽、撥款通知事項
8.本部所屬機關(構)經管各類費款會計報告及執行狀況月報表之審核事項
9.本部所屬機關(構)單位決算、半年結算報告之審核事項
10.公務預算相關法令、制度之研擬及修訂
11.本部主管決算、半年結算報告之彙編及審核事項
12.審計部對部屬機關(構)財務收支及決算所提審核通知之聲復事項
13.部屬機關(構)及運動發展基金歲計及會計之督導
14.本部教育經費分配審議委員會秘書作業事項
15.國立社教機構作業基金與學產基金概(預)算之籌編及審核事項
16.國立社教機構作業基金與學產基金分期實施計畫及收支估計表之彙編及審核事項
17.國立社教機構作業基金補助款之核撥、憑證審核事項
18.國立社教機構作業基金會計報告、半年結算報告、決算之彙編及審核事項
19.國立社教機構作業基金保留案件之核定
20.國立社教機構作業基金資本支出預算變更、緩辦、停辦之會辦事項
21.國立社教機構作業基金補辦預算之核定或核轉事項
22.國立社教機構作業基金會計制度之研訂事項
23.中長程公共建設計畫先期作業彙辦事項