教育部提出「國家重點領域產學合作及人才培育創新條例」草案（以下簡稱創新條例草案），主要是由研究頂尖的國立大學與研發領先的企業合作設立「國家重點領域研究學院」(以下簡稱研究學院)，藉由放寬組織、人事、財務、設備資產、人才培育及採購事項，讓產業能有效、有序地參與產學研發，與自由經濟示範區「教育創新」以促成國內大學與外國知名大學合作之目的不同，且創新條例草案針對研究學院之設立、續辦、停辦及不續辦等應經校務會議通過始得辦理，並就公共監理、創新環境、法律授權、校園資源及退場機制等事項已有周延設計，總計53條，與自由經濟示範區「教育創新」共4條之規劃嚴謹程度不同。說明如下：
一、周延的公共監理
創新條例草案對於研究學院運作的監督及管理機制已有周延設計，包括由政府跨部會組成審議會、國立大學設監督會及研究學院設管理會。首先，政府會由教育部、國發會、經濟部、科技部等共同組成審議會，審議研究學院的設立、續辦及計畫變更，並可令其停辦，及組成專案小組訪視或委請會計師查核研究學院運作情形。其次，當產業資源進入研究學院後，將由國立大學設置監督會(政府及國立大學代表各占1/3，產業代表2名)，負責審議研究學院財務績效及備查其制度規章，並下設稽核人員，查核研究學院財務、內控及績效。第三，研究學院則設置管理會，其中產業代表占1/3，其餘為政府及國立大學代表，共同決定營運方針。相較之下，自由經濟示範區中的教育創新並無類此政府參與、學校監督等規劃。
二、小規模創新環境
創新條例草案是協助大學盤點環境，適度突破現行法規侷限，建立可防可控場域小規模推動，以8年至12年方式設立研究學院，讓產官學有效有序參與，共同培育並引導高階科學技術人才進入產業。其次，研究學院以1校1院(下設約2至3個研究所)為原則，規模約僅240名碩博士生；而1個研究學院規劃編制內教師約15名，編制外教師是以延攬業界人士為主，並可合聘校內其他學院教師。相較之下，自由經濟示範區中的教育創新並無類此場域規模、辦理年限等規劃。
三、明確的法律授權
創新條例草案藉由放寬大學組織、人事、財務、設備資產、人才培育及採購等事項，讓產官學得以在可控可防範圍內共同參與運作。同時明定學校應就擬放寬的法律或法規命令，須於計畫書中載明相關條文及內容，並擬訂其替代措施，報主管機關召開審議會審議，以確保研究學院制度的完善及穩定運作。其次，創新計畫經主管機關核定後，國立大學應設監督會及研究學院應設管理會，續依創新計畫核定的內容，新訂相關規定，依程序經管理會、監督會通過後，報主管機關備查，以掌握研究學院完成設立後的各項規定完備情形。相較之下，自由經濟示範區中的教育創新並無類此逐條授權、政府審議、事後備查等規劃。
四、不稀釋學校資源
創新條例草案已限制研究學院來自合作企業資金，要高於政府資金，本部也會逐年檢視決算情形，未達成者，將令其限期改善。其次，國立大學不能從原本的校務基金提供資金給研究學院，而政府給研究學院的預算也來自國發基金，不影響既有教研預算，將不會稀釋校內既有學院或其他學校的經費。相較之下，自由經濟示範區中的教育創新並無類此資金投入限制等規劃。
五、完善的退場機制
創新條例草案已明定研究學院停辦要件及程序，一旦研究學院經營規劃及績效不佳，改善計畫經監督會認定無效須停辦者，研究學院即須提出停辦計畫，經管理會及監督會審議，送校務會議通過，報主管機關核定後停辦；如果管理會怠於處理時，則改由監督會發動提出停辦計畫。另一方面，研究學院如發生：辦學窒礙難行或遭遇重大困難、內部發生爭議影響運作、管理會無法決議或不執行決議致影響運作、違反創新條例或未依創新計畫辦理、評鑑為辦理不善致影響教職員工生權益、財務狀況惡化致不能清償債務等情事，主管機關將令其限期改善，屆期未改善或改善無效，得召開審議會審議後令其停辦。相較之下，自由經濟示範區中的教育創新並無類此退場機制規劃。