「邁向頂尖大學計畫」預計於105年底執行結束，為持續強化我國頂尖大學的經營體質，本部刻正規劃第三期後頂尖大學計畫，除持續強化教學及研究層面之外，將更強調大學對於社會貢獻的重要性，而資源的挹注方式，也將考慮更重視大學、政府與產業三方共同投資的模式，以確保人才培育與科技研發的成果能與社會發展及產業創新能有更緊密的連結。
教育部自95年起推動第一期「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」及第二期「邁向頂尖大學計畫」以來，至今已挹注約新臺幣九百億元支持我國頂尖大學以其優勢重點領域整合各界資源，全面提升教學研究能量，並強化與國際知名大學合作，持續追求專精領域教學與研究之卓越發展，以符合未來產業變化需求，成為學術與應用並重之研發基地。邁頂計畫成果包括教學卓越發展，培育優秀人才，且重視教學方面之改革，因應產業跨領域人才需求所開設的跨領域課程、積極延聘國際優秀教研人才。另根據103年度QS(Quacquarelli Symonds)公司排名結果，本計畫獲補助學校已有11校進入世界前500名並持續進步，104年公布針對全球36個學科進行排行，臺灣共有18個學科進入世界前50名；另本計畫同時強調產學合作，使得各校專業研發能力大幅提升，在學術發展上亦有顯著之成果，並將研究成果轉化為提升國家競爭力及促進產業升級之利器。
自第一期「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」起已針對基礎建設投入許多資源，各校之相關軟硬體設備已獲得諸多改善，第二期「邁向頂尖大學計畫」執行至今也獲致許多豐碩成果，未來教育部仍將在提升及精進我國高教品質之前提下，持續挹注相關資源，協助我國頂尖大學能在激烈競爭的全球環境中維持競爭力。