康寧大學爆發違法招收外生並涉有非法工作等違失後，部長隨即指示次長，由高等教育司、技術及職業教育司、國際及兩岸教育司及政風處組成專案小組，秉勿枉勿縱原則進行查處，即時保障學生教學品質及受教權益。
經專案小組查處，發現學校除有違法招收斯里蘭卡籍學生、涉非法工作外，尚有推廣教育學分班學生未經合法入學管道轉入學位班等情，教育部將全案調查處理情形移送司法單位偵辦。另查學校亦有疑似教學情形未符規定、不當逼退教師資遣及要求學生轉學等情。因此，教育部要求康寧大學應以改善前述違失、維護教學品質為優先，暫緩學校107年10月26日聲稱將申請改回專科學校之作業規劃。
教育部於106年11月獲悉康寧大學106學年度招收斯里蘭卡籍外國學生，涉及仲介及非法打工等情事，即已糾正該校並禁止其招收外國學生；針對本次查處到康寧大學多項違失，以及師生陳情反應權益受損及教學品質等問題，教育部處置作法說明如下：
一、依私立學校法第55條規定，將徵詢私立學校諮詢會意見後，停止學校部分或全部之獎補助及招生。於提私立學校諮詢會前，廢止康寧大學108學年度各學制班別(包括專科)招生名額之核定，後續視改進情形及私校諮詢會意見再議。
二、針對系所未符教育部師資質量檢核及教學品質查核規定等情，責令康寧大學限期改善，在未提出具體改善措施經教育部同意前，不得以遭教育部停招或學校規劃申請改制等情形為由，進行教師資遣或要求學生轉學。
三、要求康寧大學應依外國學生來臺就學辦法規定、全額獎學金之承諾，輔導斯國外生並立即指派專責人員，協助斯國外生之學習、經濟及生活情形，且定期回報。
四、針對學分班學生未合法轉入學位班，康寧大學在未提出具體改善措施經教育部同意前，尚未開課之推廣教育學分班及非學分班，應立即停止辦理；已開課之班次，應依法辦理。
五、針對前開違失，將依私立學校法第80條規定，就董事長、校長等人員各處以新臺幣50萬元罰鍰；如於限期內未改善，將續依私立學校法第25條規定，聲請法院停止或解除學校法人董事長、部分或全體董事之職務。