有關臺灣高等教育產業工會針對私立高級中等以上學校退場條例草案（以下簡稱條例草案）認為存有漏洞案，教育部說明如下：
一、 法案研議過程多方徵詢意見
教育部於條例草案研訂過程中多方徵詢意見，其中曾於109年4月24日邀請相關團體、專家學者開會討論，針對與會高教工會代表所提三項意見：退場審議委員會增加工會代表、專案輔導學校應增加教職員董事、學校停招後學生應全部畢業後始得停辦等三項意見，其中教育部參採前兩項意見並納入草案條文，僅有關學生全部在原校畢業一項未予採納（理由於第四點說明）。
二、 學校依現行私校法可辦理轉型或改辦，條例草案第二十四條係為防止漏洞，避免專輔學校藉辦理改辦而拖延退場期程
現行「私立學校法」賦予學校轉型或改辦之法源，如改制為其他類型學校、與其他學校合併，或改辦其他教育、文化或社會福利事業等。因此，專案輔導學校於輔導期間得依據現行「私立學校法」辦理改制、合併或改辦，並非條例草案有任何放寬。
條例草案第二十四條全文為「專案輔導學校所屬學校法人，得於第六條第一項公告之日起算三年內，依「私立學校法」向學校主管機關或學校法人主管機關申請改制、與其他學校法人或學校合併、停辦所設學校後改辦其他教育、文化或社會福利事業；逾期未完成者，依第十三條第一項、第十四條至第二十條及第二十一條第一項至第三項規定辦理。」其重點在於明確規範專輔學校如依據「私立學校法」辦理改制、合併或改辦，一旦在三年期滿未完成，就必須依條例草案規定由主管機關重新組織董事會、並由新任董事會辦理法人解散清算事宜，賸餘財產僅得捐贈退場基金、地方政府、中央機關及公立學校。立法意旨明確在於防堵可能漏洞，避免專輔學校藉由改辦拖延退場期程。
三、條例草案就納入專輔學校之條件採多面向審酌，非單一門檻，並較現行「私立學校法」對專輔學校董事會採行高強度管制
條例草案明定學校有財務顯著惡化、師資質量不符法規規定、教學品質不佳、積欠教師薪資且經主管機關處以罰鍰、違反「私立學校法」及其他教育法規情節重大等情事時，得列入專輔學校；其條件採多面向，且其中最重要為財務指標，因財務不佳可能導致積欠教職員薪資、併班上課、資遣教師等種種狀況，即得納入專輔學校。
另條例草案通過後，將可依法公布專輔學校名單；加派專輔學校教職員擔任學校法人董事；專輔學校董事不得支薪；專輔學校100萬以上採購及融資均需主管機關同意；學校遭主管機關命全部停招時，董事會需解散由主管機關重新改組等。條例草案對私校董事會之監督較現行「私立學校法」採取更為嚴格的高強度管制，這亦是回應高教工會過往之訴求。
四、條例草案妥善保障學生就學權益，所有學生留原校畢業反而可能損及就學權益
條例草案明定主管機關應查核專輔學校教學品質；學校停招後1年始停辦，以大學為例，原本就讀大三、大四學生得以原校畢業，大一及大二學生將由主管機關分發至其他學校繼續就讀，確保學生權益。且觀察近年停辦學校學生之安置作業，學生可至其他仍正常辦學之學校就讀、參加社團、出國交換等，獲得比原校更佳之學習機會，且原已取得之學分均予採認，使學生仍可順利畢業。
若依高教工會意見，所有學生均需在原校畢業，因依條例草案規範被勒令停招學校係因為教學品質不佳、財務狀況惡化等情況無法改善，如讓學校停招後之系所學生得原校畢業，則停招至停辦期間為3年，如有學生延畢則停招至停辦時間將拉更長。這期間學校無力提供完善之教學品質，且因學生逐漸減少，學校生活設施、社團活動等勢必無法正常提供，對仍留原校學生反而權益無法妥善保障。
五、公私併議題，教育部已另案處理
條例草案立法目的係為私校在退場過程中，確保教職員及學生權益，同時維持校產公共性；至於私立學校與公立學校合併之法源，教育部已另啟研究案研議討論中，尚待社會各界對話討論取得共識，故不在條例草案規範之範圍。
六、條例草案較現行法令對教職員權益有更周全保障
明定教職員遭資遣、離職或退休時應發給慰助金；董事會由主管機關重組後，在學校停辦前得申請退場基金墊付教職員薪資等費用，確保教職員權益。為協助退場學校教師工作轉銜，教育部已建置「全國大專教師人才網」，提供教師完整就業資訊，並設置「大專校院高等教育人力躍升培訓及媒合平臺」，協助教師轉職至產業。且條例草案亦明定，其他學校以專任方式聘任退場學校教職員工者，主管機關得予以補助，以提高教職員獲聘任之機會。
綜上，條例草案係為補強現行法令不足之處，並無任何放寬對私立學校監督甚至圖利董事會之條文，若條例草案未能完成立法，僅能依現行法令處理私校退場事宜，無法完全確保教職員及學生權益，且學校法人依「私立學校法」解散清算後賸餘財產得捐贈其他私校或基金會，更可能發生高教工會擔憂之掏空校產情事。因此，教育部期待各相關團體若有其他補充或修正條例草案之意見，均可在立法院審議過程中提出討論，大家共同努力使條例草案能儘速完成立法，使教職員工及學生在學校退場過程中權益能受到保障，私校校產亦能確保公共性。