為提供高中職校課程研發及促進教師專業成長，教育部委託23個學科中心辦理相關工作，其中國立新竹女中負責辦理全民國防教育學科中心，其主要工作為研發蒐整教學資源、辦理教師研習、建置與充實網站平臺服務功能、辦理各類教學評比競賽活動、舉辦學術研討會等。
教育部表示，全民國防教育學科中心網站目的主要為提供高中職校教學者有關全民國防教育活動、推動成果及相關之課程與教學資源，教學資源包含各類研習活動課程影片、績優教學與論文資料、政府出版或宣導之影片及專家學者的專題文章等。本次上傳之大陸2支影片為學科中心聘請之專任助理自行上傳，可能係該助理認為讓教學者了解大陸對臺所存在的威脅，故而提供參考。經查證此些影片容易讓人有不同解讀，引發爭議，故學科中心已立即撤除。另對於本次疏失，教育部將督導學科中心加強內控審查機制，學校對於疏失人員也會進行檢討處理。
另在教材方面，國民中小學部分教育部已編訂補充教材，採融入式教學實施，其內容有37單元，分別融入社會、健康與體育、綜合活動及生活課程等學習領域，依不同年級，設計遊戲、校園觀察等多樣教學活動，並搭配學習單等；國民中學部分有29單元，融入社會、健康與體育、綜合活動及自然與生活科技等學習領域；教育部希望學校採多元及寓教於樂之方式，增進學子相關國防知識及全民防衛意識，以培養其具備國家認同與愛國情懷，並能據以實踐。另在高中職部分，全民國防教育為正式課程，並以審訂本教科書作為教材。有關網站資源主要提供教學者參考了解，學校使用的教材仍以教育部研編之補充教材及審訂之教科書為主。