教育部表示，關於臺大、管中閔教授及臺大學生，前分別對教育部本（107）年5月4日請臺大進行遴選程序瑕疵補正的公文提起訴願，本（28）日已收到行政院訴願決定書，行政院對三件訴願案均作成「訴願不受理」決定。
教育部進一步說明，三件訴願案行政院在訴願決定書特別指出，教育部5月4日函請臺大補正遴選程序瑕疵，是教育部作成行政處分前之程序處置，目的是為了確保將來新任校長當選人之合法性、正當性及任期中的穩定性，故該函並非行政處分。在教育部5月4日函非行政處分之情況下，臺大、管中閔教授及臺大學生對之提起訴願，依法未合，所以行政院訴願會決定不受理。
教育部強調，此次臺大校長遴選過程由於相關資訊未充分揭露，造成利益迴避事宜未能在遴選過程適度討論，而遭到質疑遴選結果的公正性，臺大及遴委會確實應深切檢討反省。而教育部在衡量遴選瑕疵特性、校務發展公益等情，對大學自主給予最高尊重下作成「勉予聘任」決定同時，也督促臺大對遴選過程爭議澈底檢討，並透過校長遴選制度整體檢視與調整，杜絕類似紛爭，以符合當前高教競爭發展的需要。