教育部表示，國立大學校長遴選事宜，係依大學法第9條及其授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法規定，由校長遴選委員會執行遴選作業，教育部亦依據該辦法規定，以一致標準對所有國立大學校長遴選作業進行合法性監督，並完成校長聘任作業。基此，校長遴選於大學法上有特別規範，至於大學在法律規定範圍內享有自治權，教育部向恪守並捍衛此一精神。
國立臺灣大學校長遴選委員會於107年1月5日遴定管中閔先生擔任新任校長，並於107年1月10日報請教育部自107年2月1日起聘任。教育部指出，臺大校長遴選委員會委員共計21人，係依「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」及該校相關規定產生，並依規定秉獨立自主精神，執行校長遴選任務。遴選過程如有爭議，依據前開遴選委員會組織及運作辦法第3條規定，校長遴選委員會是唯一具有權責的處理單位，所有決議均應經合議為之。而教育部對各方關切之事項，向係本著遇有疑義即要求各校遴委會釐清及儘速處理之原則，做適法性監督。
教育部進一步說明，有關監察院所詢臺大校長遴選過程中爭議事項，教育部於107年1月24日函請臺大轉請遴委會認定，並檢附相關佐證資料以憑辦理後續聘任事宜。茲因遴委會係採合議制，臺大107年1月25日函所送資料只敘明「國立臺灣大學說明」，未能確認是否業經「遴委會」認定，為期明確回應監察院所提問題並儘速處理校長聘任事宜，教育部已於107年1月27日函請臺大儘速補充並適當說明，一切均在符合大學自主及依法行政原則下處理。
陽明大學與臺灣大學校長遴選爭議教育部處理情形整理表
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陽明大學
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臺灣大學
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事件
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處理情形
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事件
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處理情形
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媒體及立法委員關注陽明大學新任校長是否具教育人員任用條例10條所定大學校長資格。
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- 教育部106.11.6函請陽明大學就相關疑義詳予說明並檢附相關佐證資料。
- 陽明大學106.11.10函復教育部相關說明。
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媒體關注蔡明興先生及管中閔教授之間是否涉及利益迴避一事。
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- 教育部107.1.12書函請學校就相關疑義詳予說明並檢附相關佐證資料。
- 臺大107.1.16函復教育部。
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媒體關注管中閔教授發表論文似涉不當引用疑義。
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教育部107.1.26書函請臺大轉請遴選秉權責認定並妥適處理。
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監察院於106.11.10就陽明大學校長遴選相關疑義請教育部說明
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- 教育部106.11.13書函請陽明大學就監察院所詢詳予說明並檢附相關佐證資料。
- 陽明大學106.11.15函復教育部。
- 茲因陽明大學說明仍有需釐清之處，教育部106.11.24函請陽明大學就監察院所詢轉請遴委會認定。
- 陽明大學遴委會於106.12.10召開會議，就監察院詢問事項事涉遴委會事務部分進行認定後，轉請陽明大學於106.12.14函復教育部。
- 教育部106.12.21核定陽明大學新任校長聘任案。
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監察院107.1.22提具臺大校長遴選相關疑義，請教育部說明處理情形。
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- 教育部107.1.24函請臺大就監察院所詢疑義轉請遴委會認定，並依檢附相關佐證資料到部。
- 臺大107.1.25函復教育部。
- 因臺大函復內容未能確認係經遴委會認定，爰教育部107.1.27函請臺大就監察院所詢，提供遴委會合議認定資料。
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