教育部表示，尊重今（12）日臺大臨時校務會議針對該校長遴選事宜相關的討論。但臺大校長遴選過程中出現的程序瑕疵，並非經過此次校務會議幾個議案討論後，即獲得補正。教育部提醒臺大應依法儘速將107年5月4日函文意見促請遴委會重啟遴選程序，補正瑕疵。至今日臨時校務會議所做之決議，亦可一併提供遴委會參考。
教育部進一步說明，有關國立大學校長遴選作業，係依大學法第9條及其授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法規定，由遴委會本獨立自主精神執行遴選作業。大學法第1條亦明定，大學係在法律規定範圍內享有自治權，基此，對於國立大學校長遴選事宜，教育部、學校及遴委會均須依大學法、教育人員任用條例及校長遴選相關法規審慎執行。教育部的適法性監督，也不會影響大學自治所保障的學術講學、研究自由。
教育部也指出，臺大臨時校務會議表達出儘速處理校長聘任案的嚴肅期盼，這與目前教育部以符合正當行政程序原則，要求儘速重啟臺大校長遴選程序，所做的努力並無不同。但更重要的是，重啓遴選程序補正瑕疵，能成就遴選公平公正，平息校園紛擾的現象。在臺大臨時校務會議表現其自主期待後，應即「依法行政」，督促遴委會依主管機關教育部的意見，處理校長遴選相關事宜。