教育部表示，臺北高等行政法院判決認為，在輔大教評會作成決議前，教育部一再行文輔大召開會議，有干涉大學自治之嫌，應有誤解。依性別平等教育法第31條第3項規定，學校應至遲於2個月內完成教評會審議程序，教育部有督導及追蹤學校處理事件結果之責，並無干涉大學自治的問題。
教育部強調，輔大相關人員涉及不當介入校園性侵害事件，經學校性平會調查確認有衍生相關人員違反學生輔導法及性別平等教育法等之情事，並決議依教師法第14條第1項第13款行為違反相關法令規定移送教評會審議，校教評會據此審議並決議予以停聘，教育部依法審酌後同意學校的決定，係基於相關事實及法律規範，並未濫用裁量。而且依臺北高等行政法院92年判決認為，大學教評會係仿司法制度設三級，有糾正下級教評會認事用法之功能，應以校級教評會之決定為最終確定意見，始合於教評會設置之功能與目的，輔大校教評會決議停聘，似難謂與司法實務見解不合，教育部將在收到法院判決書後提起上訴。