教育部表示，國立大學校長遴選委員，除法定事由應解除職務外，依現行法規須「候選人」始得以其執行職務有偏頗之虞，向遴委會提出解除遴選委員職務之請求，尚未賦予遴選委員彼此間或其他人員得提出此一請求。這是目前對各校自訂遴選章則所為之一致性規定。至各校遴選章則中，亦常有具名檢舉相關促進公正遴選機制，教育部向予尊重。
教育部進一步說明，因為校長候選人為校長遴選程序中之主要利害關係人，所以本部於95年1月27日訂定發布國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法，其中第6條第2項係參考行政程序法第33條第1項第2款之法理，僅明定「候選人」得向遴委會申請解除遴委會委員職務。臺大106年7月報請備查之遴委會作業細則第9點規定「由本會委員主動提議」解除委員職務部分，因與前述組織及運作辦法規定不符，所以才函請臺大修正。媒體所稱臺大遴委會受命將原條文「由本會委員主動提議」文字刪除，是為當時也任遴委會委員的中研院院長廖俊智「護法」情形，並非事實。
教育部也強調，針對近期大學校長遴選出現部分爭議，已著手組成工作小組，從制度面進行檢討。未來有無擴大讓其他非候選人亦得提出解除遴選委員職務之必要，將併同徵詢各方意見納入評估。