教育部表示，國立大學校長遴選作業，係依大學法第9條及其授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法規定，由校長遴選委員會執行遴選作業，教育部亦必須依據該辦法規定，以一致標準對所有國立大學校長遴選作業進行合法性監督，並完成校長聘任作業。至於大學在法律規定範圍內享有自治權，教育部向恪守並捍衛此一精神。
教育部進一步說明，目前臺大校長聘任案中，有關管教授學術倫理疑義、監察院日前函詢兼任臺灣大哥大股份有限公司獨立董事是否符合兼職相關規範，及臺大所送遴選委員會第5次會議紀錄內容議決事項及方式，仍有需進一步確認之處，於陸續收到臺大或其轉請遴委會補充說明之函復資料後，儘速審視，並辦理後續聘任事宜，一切均在符合大學自主及依法行政原則下處理。