教育部表示，有關媒體報導今（9）日臺大校務會議提及陽明大學與臺大新任校長遴選案，均有遴委會委員與校長候選人擔任同一營利事業職務之情形，教育部未採取相同標準加以審核，顯係臆測而非事實。陽明大學校長遴選程序中，確有召集人與候選人於遴選期間同時任同一公司（獨立）董事職務之關係，係於教育部聘任後始經揭露，但教育部知悉後，即於本（107）年5月7日及17日二度函請陽明大學查明實情，未來會以處理臺大校長遴選案程序面要求之相同標準審視後，依規定辦理。
教育部進一步說明，臺大本年6月4日送達之訴願書理由中，亦提及教育部於陽明大學案採差別待遇。由於二案發生時間接近，遴選過程資訊未揭露情形，有相同亦有部分差異之處。基於訴願法第81條規定，受理訴願機關具有得視事件情節逕為變更決定之權限，為期依法行政，臺大訴願書所提意見，未來行政院訴願審議委員會有所權衡並依法做出決定後，教育部會依訴願決定情形審慎處理。
教育部也強調，自5月4日請臺大儘速重啟遴選程序迄今已逾1個月，這是教育部依適法性監督所進行的程序要求。而即便是行政處分，訴願法第93條規定，亦不因提起訴願而停止，更何況臺大校長遴選委員會組織及運作要點第18點規定，「校長當選人因故無法就職時，由原校長職務代理人代行校長職權，並由原遴選委員會重新辦理遴選事宜。」教育部呼籲臺大及遴委會注意遴選責任與依法行政。