教育部檢討過去部分國立大學校長遴選過程發生的爭議，廣泛徵詢各界意見，二度辦理「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」（以下簡稱校長遴選辦法）修正草案的預告作業及必要的法制程序後，已在8月1日修正發布該辦法。教育部表示，本次辦法的修正，是在現行《大學法》第9條校長遴選相關規範的架構下，以大學自主為軸心，著眼於健全遴選機制的階段性任務。透過制度規範重行整備及明確引導，在不影響擴大延攬人才的前提下，確保遴選過程的正當性，預防及有效處理爭議的情況。
教育部進一步說明，遴選機制的健全首先是從「防範未然」的概念著手，避免爭議情事發生。具體的措施體現在強化國立大學校長候選人擔任重要職務之資訊揭露、遴委會委員利益迴避與自律規範，及行政支援能量的提升。修正後的校長遴選辦法，已明定校長候選人及遴委會委員應（自行）揭露事項，另遴委會委員與候選人間除有特定親屬關係、論文指導之師生關係或同一營利事業董監事關係應予解除職務外，兩者間有其他關係是否影響遴選的公正性，則由遴委會討論議定。
又因遴委會委員專長領域各不相同，為協助遴委會進行候選人遴選表件資訊揭露及資格初審等事項，因此要求學校應組成工作小組。另為期慎重，也明定遴委會審核候選人資格、作成是否解除委員職務或迴避等重要決議，均應單獨列案並以無記名投票進行。
其次則聚焦在爭議的處理途徑，是以大學自主為軸心進行矯正機能的設計。依《大學法》第9條規定，遴委會係由學校組成，而進入遴選階段後，就由遴委會秉持獨立自主精神行使職權。但因應遴委會本身的組成或運作發生爭議時，在缺乏明確規範的狀況下，可能導致處於遲滯不前的僵局。修正後的辦法明定，校長就任前之遴選爭議，遴委會應於3個月內作成決議確實處理之；校長就任後，因遴委會已經解散，則由教育部處理。但如發生遴委會無正當理由怠於執行任務，或未於期限內確實處理遴選爭議，基於學校組成遴委會及大學自主之精神，在學校校務會議代表3分之1以上提案，經開會討論後有出席代表2分之1以上同意，遴委會就須解散；而學校必須在解散後的2個月內重組遴委會，以此機制來處理遴選過程可能產生的「當機」現象。
此外，本次校長遴選辦法新增同一人連續受聘擔任同一學校之遴委會委員，以一次為限，但修正前已擔任次數不列入計算之規定，以期讓遴委會能有更開闊多元的視野進行選才。同時，為促進公正遴選的精神，也賦予遴委會委員及教育部在遇有偏頗之虞情事時，得促請遴委會進行討論決定，同時明確規範如有解除職務的委員未解除職務而參與遴選決議時，會造成無效決議的法律效果。
教育部也強調，此次除了校長遴選辦法的修正發布外，在維持現行教育人員任用條例擴大延攬多元人才之立法意旨下，為期校長資格的規範及審認符合適當法位階的要求，並建立明確的審認機制，配套修正教育人員任用條例施行細則增列第13條之1，明定「相當教授或相當副教授之教學、學術研究工作」範圍及資格條件。而對於遴委會在審核候選人，涉及相當教授或副教授教學及學術成就時，應送該專業領域校外學者專家本於「低階不高審」原則提供參考意見，以為周妥。
在本次遴選辦法發布施行後，未來一年間須遴選新任校長而目前正在籌組遴委會的學校，共有國立高雄餐旅大學、國立高雄大學、國立臺灣海洋大學、國立彰化師範大學、國立臺北教育大學等5所。教育部表示，也將同步啟動協助機制，提供必要的參考範例，定期提供學校承辦遴選業務的單位或人員意見交流的機會，以期校長遴選作業圓滿順利。