教育部表示，報載教育部「清查」明年學者赴陸計畫，並非事實。此作業實際上係依行政院相關規定，援例行文提醒本部及所屬機關(構)學校配合108年度預算編列期程，辦理因公派員出國或赴大陸地區計畫「編製」事宜。近年來均固定於4月間發函說明編製原則及注意事項，與學者赴大陸進行學術交流政策無關。
教育部強調，所屬機關(構)學校因公派員出國及赴大陸地區計畫之編列，均依行政院及所屬各級機關因公派員出國、赴大陸地區案件編審要點訂定之相關規定辦理。依現行規定，國立大專校院所編製年度因公派員出國及赴大陸地區計畫，應報教育部核定後實施。以105年至107年為例，係分別於4月14日、4月17日及4月16日發文請國立大專校院辦理編製事宜。此例行辦理編製作業，並非對已執行情形進行清查。
教育部也補充說明，有關行文上文字錯漏部分，已透過相關網路群組先行勘誤，並會行文更正。