教育部表示，對於臺灣大學自主行動聯盟籌備會於今年1月31遞送呼籲尊重大學自主之連署書，教育部已連同總統府及行政院交下之文件函復該籌備會。
教育部強調，國立大學校長遴選作業，向依大學法及國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法規定進行適法性監督，並完成校長聘任作業。至於大學在法律規定範圍內享有自治權，教育部向恪守並捍衛此一精神。
教育部進一步說明，在幾個爭議問題中，就以臺大業已於網站公告之遴選委員會第5次會議紀錄所載，管教授揭露擔任臺灣大哥大股份有限公司獨立董事一事，對於遴選結果有無影響而言，作成「非該校長遴選委員會所能推論，亦難認定會有影響」之決議，紀錄中僅說明上述決議，須否以投票方式議決之表決情形，未實質說明該議決之議決方式及結果，就會在理解上造成不確定的困擾。況且教育部事先提交的注意事項，即請遴委會紀錄中應載明各項決議究係以多數決、共識決或其他方式等議決方式，卻未見明示。為確認這些議決的效果，教育部始於107年2月9日去函臺大轉請遴委會補充說明。
教育部正陸續就臺大函復管教授涉及學術倫理事件處理情形，以及監察院函詢兼任臺灣大哥大股份有限公司獨立董事是否符合兼職相關規範，審慎檢視。後續將併同前述再請遴委會補充說明之函復資料儘速審視，教育部也期望臺大及遴委會慎重地提供具體明確足資作為判斷聘任事宜之說明內容，以利處理聘任事宜。