高教工會發布採訪稿指稱教育部將「廣大專兼任教師都視為不適任教師」，教育部表示，從未發布新聞稿將大專兼任教師視為「不適任教師」。高教工會誣指此一訊息，嚴重悖離教育部依教師法授權訂定「專科以上學校兼任教師聘任辦法」保障兼任教師權益之意旨，應予強烈譴責。對於教師權益的維護，教育部與各個教師工會立場並無不同，但教師與勞工因服務對象及其須受關注特性的差異，而必須在工作條件上有不同的考量，也絕不能漠視。
教育部進一步說明，勞動部在105年9月26日預告大專校院未具本職兼任教師適用勞基法期間，各界向勞動部反映，包括兼任教師適用勞基法造成不適任教師淘汰不易、影響學生受教權，以及未能回應學生課程學習內涵調整需求等意見。而教育部同仁在今年6月27日受訪回應高教工會主張大專兼任教師納入勞基法適用說明，也是重申預告期間各界的疑慮。
教育部重視大專兼任教師在教學現場的特殊需要及貢獻，經參酌各方意見後已修正「專科以上學校兼任教師聘任辦法」，提升大專校院兼任教師各項工作權益，包括保障全體兼任教師之請假、鐘點費按月發給、寒暑假勞保、就業保險及健保不中斷等各項權益，並增訂大專校院應為未具本職兼任教師提繳勞工退休金之規定，以及明定兼任教師針對學校所為終止聘約、停止聘約之執行、待遇、請假及退休金等措施之救濟管道。
目前教師法體系中，對大專兼任教師的各項權益已就教育場域特殊性有完整規範；學生、家長、教師及學校行政等需要亦做了深入評估，處於多贏的局面。