自主投資計畫所提供之投資標的組合是儲金管理會經由公開程序遴選專業機構擔任投資顧問，依該會董事會通過之自主投資實施計畫標準協助篩選投資標的組合，再提該會投資策略執行小組(儲金管理會董事、顧問及專家學者組成)，報董事會(各校代表、專家學者及私校團體組成)通過後，置於專屬平台。惟投資顧問進行投資標的組合篩選時，須符合自主投資運用計畫內所訂之「投資標的組合運用規範」，另投資顧問發行、代理基金都沒有列入投資標的組合中。