依專科以上學校教師資格審定辦法第29條規定，「教師資格審定，由學校辦理初審及本部辦理複審；其屬自審學校（包括部分授權自審學校）者，複審程序由本部授權學校為之。」，而臺大及陽明大學係為本部授權自審學校，爰有關學術倫理案件由學校先行處理後報本部備查。
臺大醫院醫師陳昆鋒：疑義文章有10篇，經科技部學術倫理審議會決議停權10年、並追回相關計畫半數主持費68萬元；經查該10篇論文前經教育部107年3月 5日函請台大查明，復經學校107年3月30日函復未涉及教師資格審定、學位授予及教育部補助經費，爰本案無涉及陳醫師升等情形，本部將責成學校循校內學倫規定議處。
陽明大學教師蕭崇瑋：疑義文章有5篇，經科技部學術倫理審議會決議停權5年、並追回相關計畫半數主持費32.5萬元，其中兩篇為升等教授的參考著作；本案前經學校107年6月22日函知教育部，經調查決議無違反學術倫理，並函報教育部備查，惟考量學校程序並未完備，爰以107年7月11日函退請學校補正；後學校再以107年10月18日函復本部調查程序，並決議無違反學術倫理，惟考量學校調查結果與科技部產生兩造矛盾，因此於107年11月16日已函請陽明重新調查。後續若經學校判定升等著作有違反學術倫理者，將撤銷升等資格、退回副教授。
學術倫理涉及台灣國際高等教育聲譽，為彰顯政府對於學術誠信的重視，教育部已於106年6月要求各大學應建立校內學術調查及監管機制，並於107年5月成立學術倫理辦公室，專責處理非學校自審案件的學術倫理案件，未來教育部仍將秉持大學自我課責及政府有效監督下，持續有效處理學術倫理案件。