針對媒體報導，3+1就學服役制度給予學生大量修業彈性，申請資格卻缺乏審查機制，使僅僅「有意願」在就學期間服兵役之就學役男，恐有被濫用疑慮等，教育部表示，「大學校院學士班學生就學期間服役彈性修業實施指引」目的是支持有意願的就學役男，教育部也會與內政部勾稽比對專案學生後續申請在學服役的狀況。
教育部說明，教育部與學校有機制因應，目前學校會定期向教育部彙報參加「大學校院學士班學生就學期間服役彈性修業實施指引」專案的學生，教育部也會與內政部勾稽比對專案學生後續申請在學服役的狀況。同時專案學生需要逐個學期向學校申請彈性修業，並不是一經申請，就一路適用到底。而學校每學期在受理學生申請時，也會依照教育部與內政部勾稽的在學服役情形，提醒學生需及時申請在學服役並作為准駁參據。
舉例來說，專案學生如向學校申請彈性修業，規劃三年完成修業搭配一年的服役，但專案學生在修業一年半(三學期)後，經部會間勾稽比對，發現仍然未安排去服役，則會由學校啟動輔導，並納入學生接續向學校申請彈性修業措施的准駁參據。
教育部重申，「大學校院學士班學生就學期間服役彈性修業實施指引」目的是支持有意願的就學役男，得於就學期間同時完成服役及修畢學位，能與其他未服役學生相同，接續投入職場或升學，不受影響。至於學生能否取得課程學分，以及是否符合畢業條件，則回歸大學學術專業，本部尊重學校的標準及判斷。