科技部於 108 年 5 月底推出補助大學校院培育優秀博士生獎學金試辦方案，方案規劃大學須提出配合款辦理，而該自籌配合款本即可由 教育部補助大學的高教深耕計畫經費支應。針對臺大研究生協會對於自籌款的疑慮，教育部會再發文提醒並鼓勵大學共同支持，因此無須憂心計畫因配合款問題受阻。
教育部對於培育優秀博士生相當重視，不僅有「產學合作培育博士級人才計畫」個別學生補助方案，更透過高教深耕計畫來強化整體博士培育環境及畢業生進路輔導，並每年均投入相當的預算：
一、108 年高教深耕計畫加碼支持博士生補助
為協助高階人才培育與促進我國高教競爭力，教育部於高教深耕計畫 108 學年度增編 13 億元，學校得以補助博士生參與研究、深化國際合作之經費，如移地研究、鼓勵博士生參與國際會議、發表國際論文、專案研究、教學合作等，引導大學善用高教深耕資源培養博士生。109 年也將持續要求大學強化對博士生的支持。
以臺大為例，透過本項經費，校內推動逕行修讀博士學位學生研究提升計畫，獲補助者於博士班第 1 至第 6 學期得領取每月新臺幣(以下同）24,000 元；另有博士生赴國外移地研究方案，獲補助者於 7 至 12 個月期間可獲補助金額 35 至 60 萬元。
二、109 年起擴大產博計畫博士生培育進路補助
為開擴博士生出路，教育部自 103 學年度起推動「產學合作培育博士級人才計畫」，將論文研究方向與產業趨勢結合，並提供博士生每人每年 20 萬元獎助學金。107 學年度共核定補助 499 名博士生，投入經費
每年約 1 億元。109 年起將增列第二軌辦理模式，針對 5+2 產業領域， 由政府建立平臺，擇重點領域，接受企業出題，並媒合學校現有教師帶領博士班學生參與解題，增加補助的博士生人數。
三、未來共組跨部會平臺加強溝通
針對各界反映，教育部也將邀請科技部、經濟部及大學共同籌組溝通平臺並廣納各界建議，並就高階人才培育的發展及所面臨問題共同進行溝通研商。