國立大學校院校務基金設置條例自88年2月3日制定公布以來，僅於90年12月21日修正第7條、第10條及增訂7-1條條文，迄今已逾10年未修正。為放寬國立大學財務運作限制，促進財務運用之彈性，以提升高等教育品質及績效，經全面檢視綜整後，修正全條文共計17條，並於本(元)月23日完成三讀立法程序。本次修正重點說明如下：
一、鬆綁國立大學財務運作之規定
(一)明確區分校務基金來源為政府循預算程序之撥款及學校自籌經費二類，並擴大自籌經費項目，除原有的5項自籌經費外，亦將「學雜費」列入其範疇，使學校財務運作更為彈性。
(二)放寬學校得以「自籌收入」(不含學雜費收入)投資於與校務或研究相關之公司與企業，以促使校務未來發展。
(三)簡化學校受贈財產轉報行政院之流程，明定除附有負擔者外，以受贈學校為管理機關，教育部為主管機關，不受國有財產法第37條規定限制。
二、課予學校負起績效責任之義務
(一)規範學校應置專任及兼任稽核人員，以強化及健全國立大學內部控制，並確保其內部控制制度持續有效運作。
(二)規範學校校務基金之財務規劃及績效報告書，俾外界檢視基金運作之教育績效。
教育部強調，立法院通過國立大學校院校務基金設置條例修正案，除賦予大學更多財務自主權利，並透過內部控制及外部課責機制監督大學整體財務運作，期許大學能真正財務自主，迎接未來更多挑戰。