教育部為配合「國立大學校院校務基金設置條例」的公布，落實校務基金管理與監督機制，進行「國立大學校院校務基金管理及監督辦法」全條文修正。經邀集部分學校代表及專家學者召開會議研商修正，重點說明如下：
一、強化學校校務基金自我課責
（一） 規範學校校務基金執行情形公開透明：學校應於一定期限內將受贈收入相關資訊、年度財務規劃報告書、校務基金績效報告書及校務基金的執行情形公告周知。
（二） 強化學校稽核人員或稽核單位之職責：稽核人員或稽核單位擬定之年度稽核計畫，據實揭露財務缺失及異常事項，並作成年度稽核報告，對於校務基金執行的缺失及異常事項與開源節流計畫，應定期追蹤其改善成效。
（三） 強化學校校務基金管控機制：規範投資管理小組應隨時注意投資效益，必要時修正投資規劃內容；學校自籌收入支應人事費及投資風險較高項目，不得超過一定比率；學校辦理新興工程規劃時，應就工程興建期間及營運後成本的可用資金的變化情形進行預測；學校持有公司及企業的股權，不得超過個別公司及企業股份的50%；校務基金的執行如有短絀時，學校應擬具開源節流計畫，並就資本支出與人事費支出進行檢討。
（四） 課予校長管理及監督學校校務基金運作的責任：規範學校歷年校務基金執行情形、可用資金餘額變化情形及開源節流計畫執行成效，納入校長續任評鑑的參據。
二、 建全本部監督機制
（一） 本部得組成專案小組或委請會計師至學校訪視，以瞭解學校校務基金執行績效。
（二） 學校校務基金執行不佳時，本部得命其限期改善，屆期仍未改善者，依其情節輕重調降人事費比率或限制不得支給。
（三） 學校應將年度財務規劃報告書、校務基金績效報告書及自籌收入收支管理規定報本部備查。
本次透過「國立大學校院校務基金管理及監督辦法」的修法，期望建立大學財務公開透明機制，強化校務基金管理及運用效能，使其永續經營，以落實校務基金管理及監督的立法精神。