大學法第1條第2項明定「大學應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權。」教育部向來尊重大學在教學服務研究各方面的自治事項，也鼓勵正常有序之學術交流，但不能違背相關法規。高等教育需要大量運用政府公共資源，透明可稽的課責制度亦為社會所期待，本部除尊重大學自主外，亦強調大學自我課責，期待大學能夠善盡社會責任。
關於國立大學校院協會暨私立大學校院協進會提出之呼籲，教育部重申，「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」原本針對兩岸教育交流就有明確規範，呼籲大學在進行兩岸教育交流時，要遵循法令規定；例如有須先經主管機關許可的事項，務必依規定申報，以免觸法。