為協助大專校院妥善因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，教育部成立大專校院防疫諮詢小組、擬訂大專校院嚴重特殊傳染性肺炎防治工作綱要、辦理分區說明會、審查各校所提之全校性應變計畫、安排到校實地輔導訪視，並於北、中、南、東各召集1至2所設有醫學院或醫院之學校，協助辦理分區學校諮詢及輔導事宜。
教育部表示，學校防疫相關工作所衍生的費用，將盡力予以協助及經費補助，但學校師生若未確實做好防疫工作，造成防疫破口，將會追究相關行政及法律責任。期待透過相關作為，協助各大專校院全面落實防疫工作，維護安全健康校園環境，維持學校正常運作，讓學生安心學習。教育部大專校院防疫重點工作如下：
一、成立「大專校院防疫諮詢小組」：嚴重特殊傳染性肺炎疫情嚴峻，為維護師生健康並協助大專校院妥善因應，教育部成立「大專校院防疫諮詢小組」，負責防疫政策諮詢、全國性防治工作綱要擬訂、協助審議各校應變計畫、協助到校實地訪視及應變緊急突發狀況等事宜，並於北、中、南、東各召集1至2所設有醫學院或醫院之學校，協助辦理分區輔導事宜。
二、訂定「大專校院嚴重特殊傳染性肺炎防治工作綱要」(如附件)：
為使全國大專校院因應疫情發展能妥善、迅速及準確處理，教育部訂定大專校院防疫綱要，防疫重點如下：
(一)成立防疫小組：由校長擔任總指揮，副校長擔任召集人，下置單一窗口及疫情通報單位，並以防疫所需工作重新組織校內單位，分為健康追蹤單位、執行單位、資源單位及行政資源部門，俾準確因應學校疫情突發狀況。
(二)確實落實平時防疫措施：宣導正確訊息(避免至疫情嚴重之地區出差及旅遊、出現流感症狀不上班上課，以及師生懷疑自己出現疑似症狀時通報流程等)、備妥防疫物資、進行公共空間(如教室、會議室及圖書館等)及經常使用之設施設備(如電梯按鈕、門把、桌面及電燈開關等)定期消毒，並確切遵守室內通風及消毒作業原則。
(三)預為規劃停課、補課及復課措施：本部依中央流行疫情指揮中心建議，訂定「校園因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情停課標準」，停課期程為14天，大專校院停課標準除經報教育部專案核准外，有1位師生被列為確診病例，該師生所授／修課程均停課；有2位以上師生列為確診病例，該校（區）停課。
(四)以學生權益為優先，視個案狀況妥善訂定安心就學措施：應針對受疫情影響無法返校或因隔離無法上課之學生，訂定降低修課學分數、規劃彈性授課方式(如錄影、線上教學及遠距教學)、訂定補考或其他成績評定方式、重新檢視學生請假、休退學及復學規定、依課程之課目性質調整畢業應修科目學分、抵免認定及相關畢業資格替代方案，並啟動校內關懷輔導機制等。
(五)落實健康管理措施：學校應進行防疫健康關懷調查及後續追蹤、依中央流行疫情指揮中心發布之「具感染風險民眾追蹤管理機制」，對具感染風險對象進行管理。倘學校出現病例時，學校應立刻停止各項大型活動。
(六)學校相關處室系所應確實記錄學校師生修(授)課及活動情形，如校內出現確診案例，應全力配合疫情調查。
(七)遵守校內個案處理原則：學校應預先將宿舍規劃為「隔離宿舍」及「安居宿舍」，並依下列原則安排師生後，進行校內環境消毒：
1.無須居家隔離之師生：返家或入住安居宿舍。
2.須進行居家隔離之師生：
(1)本國師生、在臺有親友可依附之境外生，依中央流行疫情指揮中心頒布之交通運送規格返家隔離。
(2)須進行居家隔離，且賃居校外或無在臺親友可依附之境外生，安排其入住隔離宿舍。
(八)落實環境清潔週：學校應於開學3日前，針對室內外設施清潔消毒，並呼籲教職員生重視個人衛生、環境衛生清潔、室內通風等重點。
三、辦理「大專校院防範嚴重特殊傳染性肺炎分區說明會」：
為協助各校於開學前完整掌握校園防疫重點，教育部今（20）日及明(21)日分別在輔仁大學、長庚大學、亞洲大學及國立成功大學辦理「大專校院防範嚴重特殊傳染性肺炎分區說明會」，由全國157所大專校院防疫副指揮官以上層級，依所在地區分場次參與。
四、審閱各校所提之全校性應變計畫，給予建議改善事項：
教育部請各大專校院於109年2月7日前撰擬並提交防疫相關之全校性應變計畫，並於2月15日進行審議，歸納以下建議改善事項：
(一)居家檢疫標準工作流程應包含餐點物資接送流程、生活廢棄物接送流程、浴廁及清潔消毒流程、管理員守則及事件通報流程。
(二)集會及大型會議指引應包含消毒、清潔標準工作流程，以及人員健康狀況確認標準工作流程。
(三)訂定校內指引及標準，如對外開放之公眾設施使用指引、訪客入校指引、教室通風管理標準、交通車管理指引、保全及清潔公司(委外)教育訓練管理標準、防疫物資管理標準、學校各類考試之防疫指引等，另相關重要資訊應置英文對照版本。
五、辦理實地到校訪視
為督導學校防疫作業，並進一步了解各校執行及落實情形，教育部預訂於2月下旬進行學校實地訪視作業，逐項檢視以下重點，並以實地查核方式，指導各校教室、圖書館、體育館、餐廳、廁所及宿舍環境等校園環境防疫規劃及物資整備等工作。
(一)防疫標準作業及項目。
(二)防疫組織、人員配置及教育訓練。
(三)個案確診(或發燒)之處置流程。
(四)疫情通報作業流程(SOP)。
(五)環境清潔消毒之作業流程。
(六)教職員生之防疫宣導與輔導。
(七)校外實習課程之因應措施。
(八)環境清潔週，呼籲師生重視個人衛生、環境衛生清潔、室內通風。
六、成立區域中心學校
為使各校均能就近獲得專業協助，教育部將全國共157所大專校院劃分為北一、北二、中、南、東區，各召集設有醫學院或醫院之學校成為區域中心學校，協助辦理分區輔導事宜。北一區中心學校為臺北醫學大學、輔仁大學；北二區中心學校為長庚大學、陽明大學；中區中心學校為亞洲大學、中國醫藥大學；南區中心學校為國立成功大學、高雄醫學大學；東區輔導學校為慈濟大學。