為減輕大專校院因嚴重特殊傳染性肺炎影響所造成之辦學衝擊，教育部另盤點年度計畫，除以紓困特別預算支應1億元防疫經費外，另移緩濟急籌措經費3億元，共計4億元用以補助大專校院教學訓輔及防疫應變補助經費，期能攜手學校及師生共渡難關，以維護學校校務正常運作，使學生安心就學。
本次補助對象以受疫情影響之公私立大專校院為主，而補助經費將支應下列面向：
(一) 教學訓輔經費：
協助受疫情衝擊致境外生未能返臺就讀，需啟動彈性學雜費及彈性就學措施之大專校院，酌予補助教學訓輔及人才培育經費。
(二) 防疫應變經費：
協助大專校院為校園設施及人員防疫所需購置口罩、額（耳）溫槍、酒精、消毒清潔用品及其他防疫物資經費。
教育部表示，將於3月底前發布協助大專校院降低辦學衝擊補助計畫申請須知，並請大專校院於109年4月15日前依需求提出申請，經審查通過後予以補助，預計5月核定並撥款。另除上述補助經費外，各校亦得以校務基金、私校獎補助或高教深耕計畫經費等內部調整支應相關防疫及教學研究配套需求。