有關報載臺灣聯合大學系統總校長聘任、待遇及其預算運用等相關爭議，教育部說明如下：
有關大學系統之成立，係由大學基於提升教學品質及研究水準，有效整合大學資源，聯合其他大學成立系統。其法源依據係大學法第六條規定，「大學得跨校組成大學系統或成立研究中心。有關大學系統之組織及運作等事項之辦法，由教育部訂之」。教育部並訂有「大學系統組織及運作辦法」，訂定大學系統之合作內容、系統主席或校長任務及選任程序、系統委員會任務、大學系統所需經費來源，例如得對外募集經費或申請專案計畫及競爭性經費等相關事宜。
大學系統校長或主席，依規定係由系統委員會推選系統內各學校現有人員兼任，報教育部或其所屬地方政府核准後聘任之，其待遇則由大學系統訂定組織相關規定進行規範。考量大學系統非本部所屬各級學校，其系統校長之聘任自無適用「教育人員任用條例」規定大學校長65歲以下年齡限制。至各大學系統預算運用，本部並無編列大學系統行政運作等經費支應；各系統所需經費資源，皆由參與系統之大學提撥支應，並由編列預算之學校依經費核撥及結算相關規定管控其執行進度及核銷事宜，若為國立大學，其提撥預算已循預算程序編列經費；於經費核銷及結算時，亦需經系統參與學校會計系統管控。
大學系統之設立，其目的為各校在保有系統學校之自主性與原有權責下，整合系統內學校之資源，進行跨校學術及教學等整合事項，例如：師資聘任、課程開設、教材編纂、圖書期刊與國際學術交流、合作課程開設、跨校合作研究等合作整合事項。
台灣聯合大學系統為我國第一個成立之大學系統，於97年1月由本部核定成立，該系統辦理成果，如共同開課、辦理聯合招生、系統內相互承認教師資格、跨校開課、跨校合聘、承認教師跨校授課鐘點、成立聯合研究中心、圖書資源整合、成立跨校國際學位學程、辦理台灣聯大講座、系統內跨校轉系及逕修讀博士、推動國際服務學習、邀請諾貝爾獎得主演講以型塑典範學習、推動學術研究倫理教育等。