大學申請入學第二階段指定項目甄試於111年5月19日至6月5日舉行。依據大學申請入學管道因應疫情應變機制，一般校系考生若為居家檢疫、居家隔離、自主防疫、自主健康管理就醫採檢尚未接獲檢驗結果及確診等個案，可依不同身分類別，提交確診通知書、居家隔離通知單等相關證明文件，向通過篩選學系申請適用防疫應變機制，則可改以學測成績及書審資料進行甄試，不得外出應試。若考生因地方衛政單位作業、或遇有資料遺漏、數位證明查無資料等情事，致需延遲提交相關證明文件者，各大學學系均會同意由考生先行簽立切結書，並於事後補件方式，給予彈性；亦請於收到相關證明文件(含COVID-19數位證明)時，交付學系完成資料補正作業，以保障自身權益。
另配合中央流行疫情指揮中心於111年5月25日公告民眾可透過健保快易通APP申請COVID-19數位證明(含接觸者隔離證明)等資訊，教育部亦於111年5月26日通知各大學可採認個案考生數位證明取代紙本證明文件。
自111年5月19日起各大學辦理申請入學第二階段指定項目甄試，若有個案考生遇有資料遺漏、或數位證明查無資料等不可歸責於考生的情事，致需延遲提交相關證明文件者，各大學學系均會同意由考生先行簽立切結書適用防疫應變機制，並於事後補件方式，給予彈性。目前亦有多位考生先切結適用防疫應變機制，事後也順利完成補件作業。但因大學招生係涉及整體應試公平性，個案考生後續仍應提交相關證明文件，交付大學據以認定，否則仍須依招生簡章規定視為面試缺考。
因應國內COVID-19疫情發展，並盡力維護學生升讀大學之權益，大學招生委員會聯合會(簡稱招聯會)提供「大學申請入學管道因應疫情應變機制」，並公告「各大學校系因應疫情應變甄試項目內容及佔分比」(已公告於申請入學網頁「防疫應變專區」)。依據現行防疫應變機制，一般校系如遇居家檢疫、居家隔離、自主防疫、自主健康管理就醫採檢尚未接獲檢驗結果及確診等個案考生，將改以學測成績及書審資料進行甄試，個案考生不得外出應試。