針對監察院糾正本部有關大學助理納保案配套不周，教育部回應說明如次：
針對監察院糾正事項，教育部表示尊重，未來將依照監察院意見檢討修正並協助學校，並已成立跨部會溝通平臺。教育部尊重監察院之糾正，有關相關研議與輔導配套措施，教育部將依照監察院要求予以改善，目前已與勞動部共同建置跨部會溝通平臺，平臺成員包含：行政機關代表、具教育及勞務法規之學者專家人、大專協（進）會代表及學生代表。平臺將處理需跨部會協調之議題、學校分流原則性爭議及學習關係定位、經學校校內爭議處理程序仍未能妥善解決之個案。
教育部與勞動部所頒佈處理原則是尊重大學自治原則，責成學校釐清兼任助理定位並依法將學習與勞僱明定。為使學生兼任助理明確定位，協助學校釐清學習與勞動的範疇，因此2年來由二部會密集邀集相關部會、學校及學生團體代表等共同研商，並訂定及頒佈處理原則，辦理分區說明會督導與協助學校分流，兼任助理屬學習範疇者，學校得依大學法對大學自治原則自訂規範，而屬勞僱關係者，則需依照勞基法相關規定辦理。
行政院三次會議協處，已就勞健保支出，身障及原住民進用人數及比例問題提出協處方案。學生兼任助理定位研議過程中，行政院曾邀集相關部會三次會議協處，關於學校憂心兼任助理納保將致勞健保支出大幅增加、不符身障及原住民進用人數及比例問題，均已獲得解決。
目前學校分流機制運作狀況良好，未來並將研議大學法及授權相關法規修法並強化危險性學習活動加保。經教育部調查，8成以上的學校已廣徵各界（包含校內師生）意見並完成校內整體分流規範，9成以上的學校設有爭議處理機制。另為根本解決學生兼任助理之定位，教育部規劃於大學法中，於學生權益專章納入條文，就其權利義務及時數上限等訂規範，同時為保障其權利，要求學校除學生平安保險外增加保障範圍。