針對國防部規劃國防大學理工學院自108學年度起與國立交通大學進行教育合作計畫乙案，尚處於討論階段。目前規劃由國防大學理工學院提供名額，與國立交通大學共同安排課程，希透過此合作方案，借重大學的師資及實驗設備等研發能量，培育國防人才；並將針對授予學位及共同招生是否可行等方向，將由教育部會同國防部進行研議。
國防大學理工學院有感國家重要人才應有所提升，因此提出與國立交通大學進行教育合作，規劃由國防大學理工學院提供外加招生名額，不占國立交通大學現有的招生名額，除課程與招生由雙方共同規劃外，入學管道、學生學籍管理、師資需求、畢業條件等仍應符合國立交通大學入學條件及其他校內相關規定。
本合作方案，除引進國立交通大學優秀師資外，也將借重國立交通大學的教學資源與設備，由兩校合聘師資、分攤所需經費，充實教學研究環境，並提供國立交通大學學生與國防大學理工學院學生交流之機會。惟目前合作方案尚處於討論階段，待國立交通大學提報合作方案至教育部後，將再針對授予學位及共同招生等作法，進一步研究未來發展的可行方向。
參與本方案之學生，因入學管道依國立交通大學入學相關規定，學籍為國立交通大學學生，仍應由國立交通大學依學位授予法及該校相關規定授予學位；並針對修習國防大學理工學院課程而取得軍事學資之學生，得於國立交通大學學位證書註記取得相關軍事學資，並非如報載「就讀國防大學理工學院而授予國立交通大學文憑」等情事。
為配合社會趨勢及產業需求，教育部協助各大學校院依本身優勢與發展特色，進行教學制度與方法之多元創新，引發學生學習熱情，希達到培育優質人才之目的，創造高等教育價值，帶動社會創新活力。且對於各部部會所規劃之人才培育合作方案，向尊重各部會人才培育需求。有關國防大學理工學院與國立交通大學之教育合作方案，因尚處討論階段，相關配套措施亦須更細緻規劃，其方案效益仍有待國防部與教育部後續持續評估研議。