一、高教深耕計畫第二期（112-116年）
本部從107年起開始推動高教深耕計畫，第一期（107-111年）共挹注838億元協助學校落實教學創新、發展學校特色、善盡社會責任與提升高教公共性。
第二期計畫（112-116年）預計投入970億元，較第一期增加132億元，將延續第一期以學生為主體、教學為核心精神，持續協助大學依據優勢領域發展多元特色，並強化學生培養六大關鍵能力（資訊科技與人文關懷、跨領域、自主學習、國際移動、社會參與、問題解決）以面對快速變動的未來世界，同時結合國家六大核心戰略產業、淨零碳排等政策目標，並融入SDGs的17項指標引導學校提出校務發展特色之核心論述，邁向永續發展。
二、第二期計畫願景與推動架構：
(一)計畫願景：型塑具備明確定位及優勢特色之大學、培育符應未來需求及國家發展之人才。
(二)計畫架構及內容增修：
1.第一部分「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」：包括主冊、附冊（落實大學社會責任實踐計畫）、附錄一（提升高教公共性完善就學協助機制）、附錄二（提升高教公共性：透過原住民族學生資源中心輔導原住民學生成效）與附冊（USR）。其中主冊分別增加「國際化專章」及「資安專章」，協助學校建立國際化的行政支持系統及提升校園資安防護韌性。
2.第二部分「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」：包括全校型計畫與特色領域研究中心計畫，其中全校型計畫在面向上增加社會責任貢獻面向。