為因應教育部所屬機構發展趨勢，優化財務經營管理之能力，提升既有作業基金法源位階，使現行作業基金更具彈性運用空間，並強化國家教育研究院教研機構智庫功能，「教育部所屬機構作業基金設置條例」草案前於107年11月9日經立法院三讀通過，並經總統於今(28)日公布，對於教育部所屬機構具有時代性意義。
教育部所屬機構於實施基金制度以前，均仰賴政府公務機關預算編列支應，相關支出常因法律及義務性支出之增加而產生排擠效果，鑒於國立機構公務機關預算難有成長空間，行政院於96年訂定發布「國立社教機構作業基金收支保管及運用辦法」，協助教育部所屬機構突破困境，國立自然科學博物館、國立科學工藝博物館、國立海洋生物博物館、國立臺灣圖書館、國立臺灣科學教育館及國立海洋科技博物館等機構據此已陸續實施作業基金。
本條例自98年第一次函送立法院審議，歷經3次函送立法院，均因屆期不續審致未能完成法制作業程序，迄今努力9年多終於有成。此次總統公布的本條例條文，除定義自籌收入項目，明定編制外人員人事支出之基金用途，並排除國有財產法等相關規定，增加彈性，以發揮作業基金運用效益。本條例共計13條，重要立法效益說明如下：
一、激發教育部所屬機構開源潛力：施行公務機關預算之財務收支均應悉數納入國庫，但作業基金之賸餘得留供基金循環運用，更能夠發揮社會資源運用效益，加強產學合作激發開源的潛力。
二、增加預算編製與執行彈性：實施作業基金的年度結餘可滾存至基金再利用，預算編製與執行較具彈性，促使教育部所屬機構依最低支出達最高效能應用資源，提升預算支出的經濟效益，達節流的效益。
三、增進人事進用彈性及資源配置之合理性：教育部所屬機構實施作業基金制度後，門票及銷售收入、場地設備管理收入等9項自籌收入毋須依照公務機關預算時期納入統收統支系統，預算執行較具彈性。又為促進人事進用彈性，本條例明定自籌收入得以進用編制外人員，使資源配置益形彈性、合理。
教育部強調，本條例公布後，其他教育部所屬機構如年度經費自籌比率超過百分之十五，得申請設置作業基金，將能強化國家教育研究院教研機構智庫功能，並活化社教機構，加強產學合作，使其財務運作及經營管理產生全新思維，發揮更多創意，精進推動終身學習，有助於提升我國終身學習風氣。