有關清華海峽研究院於國立清華大學校內設置清華海峽研究院新竹辦公室一節，本部前於110年10月26日接獲陸委會來函認有違反臺灣地區與大陸地區人民關係條例(以下簡稱兩岸條例)第40條之2「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在臺灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動。」規定，本部於11月4日函請國立清華大學校友總會及國立清華大學就該新竹辦公室從事活動情形查察報部。本案將依據兩岸條例第93條之3規定，以違反該條例40條之2進行裁罰。
針對國立清華大學將校內空間租供清華海峽研究院(新竹辦公室)，作為辦公處所部分，本部已督導國立清華大學依該校場地設備管理使用相關規定，針對本案違背法令情事，立即停止其使用並即刻撤離。