本部目前採認大陸地區大學155校及專科學校191校之學歷，但有下列情形之一者，不予採認：非經正式入學管道入學；採函授方式取得；經高等教育自學考試方式通過後入學；在分校就讀；大學下設獨立學院授予之學歷；非正規學制之高等學校；醫療法所稱醫事人員相關之學歷；未同時取得畢業證( 明) 書及學位證(明) 書，但依第五條第二項規定經由學術合作，同時在臺灣地區大學及本部認可名冊內所列之大陸地區高等學校或機構修讀學位，並取得學位證（明）書者，不在此限；各類研習班所取得之修課證書（明）；取得博士學位候選人資格而未獲得博士學位，申請採認相當於碩士學位資格；未經註冊入學及修業，僅以論文著作取得博士學位；名（榮）譽博士學位；遠距教學課程學分數，超過畢業總學分數之二分之一；各級學位之修業時間與臺灣地區同級同類學校規定不符者。
上揭不予採認之「醫療法」所稱醫事人員學歷之範圍，依衛生福利部頒發之執照，包含以下類別：醫師、牙醫師、中醫師、藥師、醫事檢驗師、醫事放射師、護理師、助產師、物理治療師、職能治療師、呼吸治療師、臨床心理師、諮商心理師、營養師、牙體技術師、語言治療師、聽力師等。
- 大陸國小、初中、高中學歷：持相關學歷證明文件（高中學歷須經大陸公證及海基會驗證）洽各地縣市政府教育局/處、教育部國民及學前教育署申請辦理學歷採認。
- 大陸大學校院或大專學歷 ：
(a)持「畢業」學歷者：
1.檢具相關學歷證明文件洽大陸教育部所屬學歷認證中心辦理相關認證報告（畢業證書：大陸地區學位與研究生教育發展中心；學位證書：大陸地區學位與研究生教育發展中心及高等學校學生信息諮詢與就業指導中心擇一辦理；歷年成績單：大陸地區學位與研究生教育發展中心及高等學校學生信息諮詢與就業指導中心擇一辦理）。
2.洽移民署各縣市服務站辦理「入出國日期證明書」（出入境記錄）。
3.將身分證明文件、上開各項文件（碩博士生須另檢具畢業論文）送交國立中興大學(電話：+886-4-2285-1900)辦理查證。
4.如係民國81年9月18日至99年9月3日期間入學者，須先參加本部委託國立中興大學舉辦之「大陸地區大學學歷甄試」，通過後方能認可學歷。
(b)持99年3月後入學者之「肄業」學歷者：檢具相關學歷證明文件（肄業證書、歷年成績單：須經大陸公證、海基會驗證），送交國立中興大學辦理查證。
註：中等以下各級各類學校學歷入學者，請送本部國民及學前教育署辦理查證及認定。