臺灣大學雖於今年1月10日將新任校長當選案報教育部聘任，惟在教育部依法審查期間，陸續出現該校在校長候選人資格的資訊揭露問題、遴選作業流程公正與否、當選人是否違法兼職及有無違法赴中兼職或兼課等疑義。雖然該校及遴委會陸續補正相關資料及程序，但仍有部分疑義未獲實質釐清。教育部做為核聘國立大學校長之主管機關，依權責應就相關資格等疑義予以釐清。
以目前外界所公開揭露之資料顯示，中國廈門大學等將管教授列為兼任教授、博士班導師、以及該校碩士招生簡章中稱之「實質性兼職教授」等教職，在同一時期，管教授亦擔任多項公職，包括中研院經濟所兼任所長、行政院政務委員(同時期兼任經建會主委、國發會主委)等職；管教授於擔任前述公職期間及卸任政務官之後的相關赴陸管制規定，涉及層面既廣且深，若干專業與法律問題需跨部會協力，方得釐清。為周全決策，並加速解決爭議，教育部將於近日籌組跨部會諮詢專案小組，邀請相關部會、法律與教育專業人士，協助釐清相關事實爭點與法律適用疑義，希望能於四月中旬左右，提出諮詢意見供教育部後續決策參考。
教育部強調，大學法第1條規定，大學係在法律規定範圍內享有自治權。至於國立大學校長之遴選作業，依大學法第9條規定是由學校組成校長遴選委員會並選出校長後，由教育部聘任，因此教育部對國立大學校長聘任有適法性的監督權責。之前教育部請臺大回應此次校長遴選作業等相關疑義，部分程序未獲實質釐清；該校執國立大學牛耳，每年政府提供之公務預算高達數十億元，無論是之前的五年五百億、邁向頂大及自107年起之高教深耕計畫，該校都是臺灣最具代表性的國際學術及研究型大學；臺大校長人選之資格及遴選程序是否合法，具有重大公共利益性質，動見觀瞻，亦不容有模糊空間。
教育部除了就臺大本次遴選爭議籌組跨部會諮詢專案小組外，另外，也已就現行國立大學校長於遴選期間發生之相關爭議，組成修法之專案工作小組，將盡速研修遴選辦法等相關法規，就校長候選人資格審查機制，以及遴選會委員自律規範等措施進行檢討，並釐明校務會議與遴委會間權責關係之規範等事項，避免遴選過程發生爭議情事，在法律規範下，落實並維護大學自治的精神及遴委會獨立公正的職能。