第16次協作會議於106年3月21日上午舉行，由潘部長親自主持。會議除由協作中心進行工作報告之外，並安排三項專案報告，包括技職司「技專校院考招與課綱理念對接之配套」、國教署「高中學生學習歷程檔案與校務行政系統的功能定位及後續實施相關規劃」、「高中課務與教學專業支持系統」等報告，部長針對各項報告內容進行了解與裁示。
部長感謝各單位對於107課綱所做的努力，也期許持續做好各項配套的準備，儘可能如期如質完成。對於3月16日赴立法院進行「新課綱落實多元選修及大學考招專案報告」，協作中心針對已完成的跨系統協作成果，做了階段性完整的整理，內容深具參考價值，請協作中心以此為基礎，進而轉化為可供參考的文本，讓各界瞭解我們為新課綱實施所做出的努力。
針對全民國防教育的師資需求問題，部長請學務特教司依限提出需求後，並由師資司儘速協調師培大學完成師資培育規劃。有關技專校院考招與課綱理念對接，部長強調考招制度的規劃應能呼應新課綱，強調實作能力，並兼顧學生基本學力。
關於建置高中課程計畫平臺，部長強調應符合使用者需求，除了提供給大學端作為考招設計參考外，也應提供給國中學生、家長使用，讓國中生填志願擇校時，能夠有透明且有效率的資訊。
「校務行政系統」攸關高中新課綱執行，國教署業已委託北科大開發「校務行政系統」提供學校選用，倘若學校選用，將可直接介接至「學生學習歷程資料庫」（國教署委託暨南大學建置）；部長提醒，倘學校仍使用廠商或學校自行開發的系統，涉及資料庫交換規格介面的制定，請國教署緊密連結資科司，須確保系統運作的正確性及安全性，儘快完成系統開發與測試，確保及早上線使用。
對於國教署目前規劃的「高級中等學校課程與教學專業支持系統」，部長表示已能看到的整體網絡及各方案之間的關聯，後續可加強實際連結，促成資源整合，強化工作圈功能，提升各學科、群科中心帶領教師專業發展的效能，並引導各直轄縣市完善國教輔導團組織，擴及輔導範圍至高級中等教育階段，與中央層級的學科、群科中心對接，建構更完整的課程與教學輔導體系。
部長提示，這次新課綱在高中階段變革很大，需要完整的配套規劃，除了本部各單位積極推動之外，各縣市教育局處的配合也很重要，對於各項課綱配套的準備、前導學校試行、學校課程發展培力、教師專業增能，不僅能互通有無、觀摩交流、分享，也能提供高優輔導團隊、學群科中心支援，發揮區域資源統合的力量。