因應108學年度十二年國民基本教育全民國防教育課程綱要實施後，其中部分課程內容調整為「全民國防概論」、「國際情勢與國家安全」、「我國國防現況與發展」、「防衛動員與災害防救」及「戰爭啟示與全民國防」，為維護學生折減軍事訓練期間之權益以及符合兵役法第16條規定，教育部會銜國防部、內政部於109年6月10發布修正「全民國防教育軍事訓練課程折減常備兵役役期與軍事訓練期間實施辦法」第二條附表。
其中增訂108學年度起入學高級中等學校、五專前三年或相當層級進修學校新生適用之「全民國防教育軍事訓練課程」，課程總時數維持40小時，至多折減軍事訓練期間5日 (法規修正網址：https://gazette.nat.gov.tw/egFront/detail.do?metaid=116143&log=detailLog)。
教育部特別提醒，修畢全民國防教育課程學生如欲申請全民國防教育軍事訓練課程折減軍事訓練期間，應將就讀學校成績單正本送交該校軍訓單位或教務單位審查，經核對無誤後於成績單右下角加蓋印記，並載明成績合格之全民國防教育軍事訓練課程內容、時數及得折減日數後，向訓練單位申請折減軍事訓練期間。