針對勞動部廢止令釋，教育部擔憂將對大學產生衝擊，其原因在於學校經徵詢身心障礙學生意願並全數進用仍不足，且勞傭型兼任助理時數負擔較高，致身心障礙學生擔任意願降低，說明如下：
一、有意願之身心障礙學生僅占公立學校一學期勞僱型兼任助理人數0.3%，且依照學生意願全數進用，仍未符3%規定，預估一年代金將達1.1億至2.8億元：
有關勞動部所稱若未實施令釋，全年度學校繳交差額補助費（扣除寒暑假低峰3個月）推估僅3,457萬3,824元，對學校支出經費衝擊有限，以教育部調查統計104學年度上學期公立學校進用勞僱型兼任助理計5萬2,000人，其中逾8成薪資為1萬1,100元以下，故計約增加4萬人，但因所進用兼任助理屬未達基本工資，不列入進用身障生計算，在不考慮校際差異下，衍生每年差額補助費可能高達2.8億元(40000*3%*20008*12)。
另經教育部以105年4月實際調查公立大學4月1日在保之兼任助理投保資料計算，各校回報4月1日在保之勞僱型學生兼任助理計1萬5,747人，其中有意願且擔任兼任助理身障學生僅155人(占公立學生兼任助理人數0.3%)，且未達基本工資者不計入進用數，惟依法應進用身障生人數473人（15,747*3%），仍未能符合進用數規定，致衍生一年高達近1.1億元之差額補助費(473*20008*12)，惟勞動部於推估學校須繳交差額補助費時扣除寒暑假3個月計算，實務上該期間學校仍有聘用學生兼任助理之需求，該部未將學校實際進用需求情形納入考量，導致該部與本部估算之因不足額進用學校須繳納差額補助費有所差距；此外，勞動部僅以104年10至12月各校分流實施不久的數據推估代金數額，未盡精確。令釋一旦廢止，學校將因需繳交代金可能降低學生擔任助理之機會及排擠相關經費資源，亦將影響學生權益。
二、各大專校院均配合調查身心障礙學生意願並優先進用，惟部分勞僱型工作時間過長致意願低，另勞動部對部分填報數據解讀有誤：
自勞動部令釋發布以來，教育部除與該部進行跨部會協商，並多次函文督導學校配合勞動部及各地方政府勞政主管機關填報表件回傳，各校雖反映因多次徵詢校內身障生意願造成身障生反彈及不滿被干擾，惟仍配合徵詢填報。經教育部105年2月調查顯示，各校除有當月未釋出職缺、校內未有身障生、或遇寒暑假期間學生未回覆等情形外，均依規定填報回復。勞動部資料所示學校未函報徵詢統計或未按月函報，經教育部聯繫各校釐清係屬當月學校未有職缺致填表資訊解讀錯誤所致，且勞傭型兼任助理時數較多，部分學生考量負擔較大而可能拒絕擔任（各校原因彙整如附表1）。
三、令釋實施一學期，已大幅增加身心障礙者(學生)之機會及進用數，並確保各類學生權益及校務運作：
經教育部督導及學校配合下，學校確實配合身權法精神，優先並大幅增加身心障礙者(學生)進用機會及人數，確實保障其權益，不因令釋實施而減損其權益。依據教育部調查105年2月至4月資料顯示（如附表2），各校確實配合勞僱型兼任助理之增加，在尊重身心障礙學生意願下，增加進用身心障礙學生數，且其進用比例占當月1日勞僱型兼任助理投保人數達1%，2月1日及3月1日寒假期間人數較低。