有關今(15)日臺灣高等教育產業工會質疑「高等教育創新轉型條例」（草案），讓大學全面企業化，不受既有法令管制，以試辦創新之名，遂行推動超高學費等相關問題，教育部澄清說明如下：
一、高等教育創新轉型條例是為了促進大專校院創新辦學，而非讓大學全面企業化
因過去我國高等教育辦學偏向保守經營，隨著國內學生人數減少，大專校院經營模式有必要進一步創新轉型。草案中有關大專校院辦理衍生企業，活化國有土地運用等事項，學校應先針對所欲辦理事項規劃出具體合宜之創新計畫，並由主管機關嚴謹審核通過後，始得辦理。創新計畫須與校務發展及教學、研究相結合，並非讓大學企業化。另本條例採試點試辦創新計畫方式，由主管機關逐案嚴謹審核，且試辦期間如有辦理不善、或違反法令情形，主管機關得廢止學校試辦，故不會有大學全面企業化問題。
二、大專校院試辦創新計畫須經主管機關核定，且學校如辦理不善，主管機關得廢止該計畫
教育部為審慎推動高等教育創新轉型，穩健跨出第一步，大專校院提出創新計畫，須經主管機關核定，採小規模試點實驗，若有正面綜效，再擴大開展；若產生負面效果，亦可瞭解相關衝擊，並藉此調整作法或作為政策規劃之參據。
三、大專校院試辦創新計畫，不會有超高學費問題，主管機關將視學校投入及引進資源、對學生效益、獎助學機制等，嚴謹審核計畫
考量大專校院試辦創新計畫，可能投入或引進之實際資源，宜給予其向學生收取費用之彈性。主管機關在審核創新計畫時，將視學校投入及引進資源、對學生效益、獎助學機制等，嚴謹審核計畫，因此不會產生超高學費的問題。
四、大專校院試辦創新計畫推動衍生企業，本條例針對相關事項訂有嚴謹規範，不會影響學校辦學品質
衍生企業是參考英國、美國、日本、芬蘭等國，由學校協助師生成立外部公司，而且學校予以密切支持，是知識經濟重要創新活動。衍生企業並非校辦企業，校辦企業是指學校創辦或投資入股，並由學校主導經營。
為確保學校推動衍生企業之辦理品質，草案已有嚴謹規範：（一）投資衍生企業經費來源，以不包括學雜費收入之自籌財源為限，且不得超過該衍生企業資本50％。（二）衍生企業不得以大專校院名義經營，且財務應與學校明確劃分。（三）學校應組成審議小組，對持股達10％以上之衍生企業，查核其運用資金投資、成效及對教學研究發展之貢獻。
五、公立大專校院試辦創新計畫或學校合併，得經管不動產出租或設定地上權，不會影響公共性
本條例放寬公立大專校院試辦創新計畫或學校合併時，得經管不動產出租或設定地上權，其前提條件是在不妨礙校務發展、教學進行之情形下，並經主管機關嚴謹審核通過後，始得辦理。此外，活化校地運用，並非讓學校單純出租土地以收取租金，必須是作為學校與校外合作對象之共同研發、實習訓練或新創事業之場域，故不會影響公共性。
六、學校法人在完成清算之學校財產，如有賸餘，得比照教職員提供董監事優退慰助金，是針對有退場需求之私立大專校院，為促使董事會儘速通過停辦學校之決議，避免影響學生受教品質及權益
學校法人提供創辦人、現任董事及監察人慰助金，前提是完成清算之學校財產，如有賸餘，始得提供，因此不會影響教職員工之權益。有關董監事優退慰助金之發放基準、條件及領取金額係比照教職員優退慰助金，且設有領取金額（每人領取金額不得超過新臺幣100萬元）及實施年限（5年）之限制，已適度縮小影響層面。