一、今(31)日自由時報刊載「自經區辦學恐引來學店」一文，內容所引述的學者觀點，對教育創新頗多誤解。教育部特別澄清說明如下，並表示：現今國際上的高等教育交流，不論是在合作的深度與廣度上，都已超越大家所熟知的締結姊妹校、學生交換、學術研討等模式，臺灣在這方面已落後鄰近國家，推動教育創新不能等。教育部未來將會持續與社會各界溝通，消弭疑慮、凝聚共識：
(ㄧ)教育創新是因應外國大學的學術專業及辦學特色，讓外國大學與國內大學合作所設立的分校、獨立學院，可以針對法令鬆綁的部分，提出合理替代機制及程序，並非鬆綁後就毫無規範。而這些替代機制及程序也必須在向教育部申請時，納入教育創新計畫規劃，並經教育部邀請相關代表組成「教育創新審議會」嚴謹審查後，才能施行。
(二)教育創新是促成國內大學與外國知名大學合作，引進國際課程、師資及其他優質教育資源，進行標竿學習。參與教育創新的國內大學，須經教育部評鑑辦理完善，績效卓著；而合作的外國大學，教育部亦會參考其國際排名、個別學門領域聲望等條件進行審查，以確保辦學品質。報導指稱教育創新恐引來學店，未來絕不會發生。
(三)教育創新所界定的外國合作大學，包含港澳地區大學，但不含大陸地區大學；而教育部對於港澳地區大學，業依「香港澳門學歷檢覈及採認辦法」建立認可名冊。報導擔心大陸地區大學將假借港澳地區名義申請教育創新，實屬過慮。
(四)教育創新可讓國內或鄰近國家學生不須遠赴海外，就能修讀國際水準的課程、享有與外國一流大學一致的教育品質、取得外國大學學位；同時教育部也會要求雙方合作學校核算合理的辦學成本，訂定合宜收費標準，並制定明確的回饋機制，如提供相當獎學金，協助清寒優秀學生入學。報導提到教育創新會使得大學品質下降、學費升高的推論，令人不解。
(五)教育創新是鼓勵國內大學與外國大學合作，透過國內大學既有校地校舍、圖儀設備、師資課程等資源共享，來設立分校或獨立學院，並不是劃定特別區域，引進外國資金購地設立新的大學，何來報導所說的，示範區會假教育為名，圈地炒作？
二、教育部也指出，國內大學近十年來，在雙聯學位、國際科研活動的參與、以及國際級人才的延攬等方面，均有長足的發展並取得不錯成果。然而，鄰近的韓國、新加坡、香港、中國大陸等競爭國家，為加速高等教育達到世界水準，紛紛與國際知名大學發展更為緊密的跨國合作架構，做為進入全球高等教育市場的重要途徑，包括強調課程接軌的聯合學位學程（Joint Degree Program）、強調共同經營模式的聯合學院（Joint College），以及直接引進海外分校的大學城（Education City）。不論是在合作的深度與廣度上，都已超越國內大學所熟知的國際交流模式。自由經濟示範區推動教育創新，將是臺灣迎頭趕上的機會。