有關外界質疑教育部大專學雜費調整決策，教育部回應表示，104學年度大專學雜費調整結果，程序依法辦理，無論是學雜費審議小組之組成及審議過程，皆依規定之合宜行政程序辦理，審議結果是按照審議會決定，並非行政決策，且已將結果正確公告社會大眾。
教育部特別強調，本次審議小組委員並無現任大專校長，更無私校協進會代表；而學生代表由教育部青年諮詢會委員中選出，無論委員組成或是審議過程，皆依規定辦理。
104學年度計有23所大專校院提出學雜費調整之申請，申請調漲幅度在1.5%~3.5%之間。教育部依「專科以上學校學雜費收取辦法」規定，組成學雜費審議小組逐案嚴格審議，並將學校所提新增助學措施列為審查重點，最後核定9所大專校院調整學雜費，14所不同意調整。
教育部表示學雜費審議項目包含：「財務指標」、「助學指標」及「辦學綜合指標」是否符合規定，研議的過程是否有與學生充分溝通，學校是否清楚將校務發展、財務規劃、經費使用及學雜費具體規劃情形向學生公開說明，校內研議過程需有學生代表參與，並設立意見陳訴管道。
104學年度學雜費審議小組由相關機構代表1人、企業代表1人、學者專家5人、學生代表3人、教師代表1人、家長代表1人及教育部代表3人（共15人）共同組成，由教育部就學者專家、教師團體、家長團體、相關機構等各類代表中選出。
此外，教育部為協助不同需求之弱勢學生得安心就學訂定相關助學協助措施，如各類學雜費減免、大專校院弱勢學生助學計畫及學生就學貸款等，弱勢照顧經費逐年增加。102學年度大專校院各類學雜費減免受惠人次達24萬7,693人次、大專校院弱勢學生助學計畫受惠人數達10萬4,663人、學生就學貸款申貸人數達31萬7,721人。
另本部為促進社會階層垂直流動及落實社會正義，自104學年度推動「大學校院弱勢學生學習輔導補助計畫」(起飛計畫)，以鼓勵國立大學招收弱勢學生，引導國立及私立大學建立完善之弱勢學生學習輔導機制，目前有59所國立與私立大學申請，透過本計畫之推動，可協助學校建置並強化弱勢學生學習輔導機制、永續性助學專款與助學基金機制，以提供經濟弱勢學生就學資源，落實社會正義。