針對羅德水先生於「得不償失的教育創新──確保教育公共化，高教不應納入自經區」一文，提及教育創新僅預設正面成果，將會讓高教淪為教育租界、惡化教師勞動條件、加劇反重分配現象等，教育部澄清說明如下：
(ㄧ)教育創新提出完善配套措施，引進外國優質大學進行合作，是國際高等教育的趨勢，並非僅預設正面成果：
1.為加速高等教育達到世界水準，韓國、新加坡、香港、中國大陸等競爭國家，紛紛與國際知名大學發展更緊密的合作架構，包括強調課程接軌的聯合學位學程(Joint Degree Program)、強調共同經營模式的聯合學院(Joint College)，以及直接引進海外分校的大學城(Education City)。
2.我國在爭取外國優質大學合作的步調上，雖然已落後鄰近競爭國家，但相對的更有機會去觀察其他國家的成敗因素，正確評估選擇我國適合的方式並提出配套措施，棄害取利。教育部已依自由經濟示範區特別條例草案第57條規定，針對雙方合作學校認定基準、學校共管機制、設立條件、變更或停辦要件、監督、招生、學生修業、教職員進用、採購、內部稽核等事項，逐一提出具體做法，並辦理說明會、公聽會對外廣徵意見，並非僅預設正面成果而未考量風險。
(二)教育創新是藉由調整管理思維及法令框架，協助大學建置更有於國際合作的環境，並非去法制化淪為教育租界：
1.教育創新是希望大學藉由標竿學習提升教研品質及國際競爭力，並非著重於擴大教育服務業的產值。教育部將調整過去偏重防弊的管理思維及法令框架，協助大學建置更有於國際合作的環境。一方面以試點實驗放寬外國大學來臺辦學的限制，讓國內大學善用現有資源空間與外國大學合作；另一方面鬆綁招生方式、學生修業規定，打造國際課程，讓更多國內學生參與，並讓境外學生將臺灣列為更優先的就學選擇。
2.自由經濟示範區特別條例草案並非排除大學法、私立學校法、學位授予法、國立大學校院校務基金設置條例、教育人員任用條例、教師法、政府採購法、國有財產法等所有條文的適用，而是針對部分條文的特定項目規定進行鬆綁，讓國內外合作學校考量國情及辦學背景不同，針對法令鬆綁提出更適當、創新的合理替代機制及程序，並在申請辦理教育創新時納入規劃，經教育部組成審議會嚴謹審查後，才能施行，並不是毫無規範。
(三)教育創新主要是給予外國大學進用教師彈性空間，不會惡化國內高教工作者勞動條件：
1.教育創新是因應國際合作特性及外國合作大學辦學情形，針對教師聘任程序、專任教育人員年齡、教師初續聘的聘期，以及「外國大學進用教師」(並非所有參與教育創新的教師)的教師任用資格、解聘停聘或不續聘的事由及程序，由學校提出合理替代機制及程序，並非排除教師進用規範。
2.教育創新針對外國大學所設立的分校、獨立學院，放寬外國大學可以參考其既有的教育傳統及校園民主機制，自訂合理機制來取代現行大學法規定的校務會議、校長遴選等規定，並非取消、忽略校園民主的公共參與。
(四)教育創新讓國內學生可就近修讀外國大學課程、學位，減輕出國就學負擔，不會加劇反重分配現象：
1.外國優質大學赴海外辦學，均會確保引進的課程、師資與校本部一致。因此，國內或鄰近國家學生不須遠赴海外，就能修讀國際水準的課程、享有與外國一流大學一致的教育品質、取得外國大學學位，不僅減輕學生就學負擔，更有利於優秀高中生選擇繼續留在國內升學。
2.教育創新因規劃引進外國合作大學課程及師資，教學成本相對提高。但教育部在審議國內外大學所提教育創新申請計畫時，會要求學校核算合理的辦學成本，訂定合宜收費標準，並鼓勵制定明確的回饋機制，如針對國內學生收取較低學雜費，或提供相當獎學金，協助清寒優秀學生入學。
教育部特別強調，教育創新不會因為自由經濟示範區特別條例的授權，而影響到大學的公共性，以「大學法」為例，即授權24項子法，私立學校法也授權23項子法，但均不影響政府對大學的公共監理。反而教育創新可以做為高等教育的試金石，透過實驗試點方式，來印證因應國際合作的鬆綁作為，進一步將沒有疑慮的鬆綁作為，評估納入大學法、私立學校法等法令修正，讓其他大學都能一體適用，大學自主將不再淪為口頭論辯。