學生有任何的偏差行為或校園霸凌情事，一直都是本部相當重視與關心的議題，而「校園霸凌」係指相同或不同學校學生與學生間，於校園內、外所發生之個人或集體持續以言語、文字、圖畫、符號、肢體動作或其他方式，直接或間接對他人為貶抑、排擠、欺負、騷擾或戲弄等行為，並由各校之防制校園霸凌因應小組調查、處理及輔導。
本部為積極防制校園霸凌事件的發生，透過教育宣導、發現處置及輔導介入等三級預防措施，積極預防及處理校園霸凌事件，並且在每學期開學第1週推動「友善校園活動」，由各級學校積極向學生宣導「防制校園霸凌」及「校園正義」的觀念，以正向推動防制校園霸凌。
有關學者向媒體投書本部校安中心102年網路霸凌數據是「零」，應屬誤解，本部為早期發現及預防處理學生偏差行為，每學期均規劃辦理高中職、國中及國小（五、六年級）校園生活問卷調查，協助學校、教師發覺學生偏差行為，並及時啟動學校輔導機制，防範長期性的校園霸凌行為；倘學生於校園生活問卷勾選遭受網路傷害，即由學校、教師先期追蹤了解與輔導，阻斷網路霸凌事件的發生；另102年通報疑似網路霸凌計22件，已由各校因應小組調查、處理與輔導，有效改善學生偏差行為。
為防制網路霸凌事件，本部函頒「各級學校學生安全健康上網實施計畫」，強化資訊倫理教育及網路禮儀宣導，加強學生法治及對於霸凌行為法律責任認知，鼓勵家長關心學生網路使用情形等，並在教育人員教導下，讓學生能正確使用網路、辨識網路的訊息種類及養成良好的網路使用習慣，持續推動以有效防制網路霸凌事件發生。
另外，整體防制校園霸凌最重要的關鍵，就是鼓勵學生發現或是遭受校園霸凌時，一定要勇敢說出來，家長及老師才能針對問題進行協助與輔導，因此，本部持續向學生呼籲校園霸凌多元反映管道（1）告訴導師、家長；（2）投訴學校信箱；（3）於校園生活問卷中提出；（4）向縣市防制校園霸凌專線反映；（5）向教育部防制校園霸凌專線反映（0800-200-885）；（6）在教育部防制校園霸凌專區留言版留言；（7）其他管道（好同學、好朋友）反映。
防制校園霸凌主要在營造安全、溫馨、適性的友善校園環境，並建構健康、和諧的校園風氣，教育部呼籲各級學校應持續透過資訊倫理教育、法治教育、人權教育、品德教育及相關配套措施落實推動，輔導學生尊重自己與他人，提供一個優質的教育環境，讓孩子可以快樂學習成長。