公務預算科職掌如下：
1.本部主管與單位概（預）算之籌編、審核事項
2.本部與所屬公務機關(構)追加預算、特別預算之籌編及審核事項
3.本部所屬公務機關(構)分配預算、修改分配之審核及核轉事項
4.本部所屬公務機關(構)動支第一預備金、動支第二預備金及專案動支款項之審核及核轉事項
5.本部所屬公務機關(構)單位預算保留案件之審核及核轉事項
6.本部所屬公務機關(構)特別預算保留案件之審核及核轉事項
7.本部所屬公務機關(構)經管會計報告及執行狀況月報表之審核事項
8.本部所屬公務機關(構)單位決算、半年結算報告之審核事項
9.本部所屬公務機關(構)特別預算年度會計報告、特別決算之審核事項
10.公務預算相關法令、制度之研擬及修訂
11.本部主管決算、半年結算報告之彙編及審核事項
12.本部主管特別預算年度會計報告、特別決算之彙編及審核事項
13.本部主管決算資訊公開業務
14.審計部對部屬公務機關(構)財務收支及決算所提審核通知之聲復事項
15.部屬公務機關(構)歲計及會計之督導
16.本部教育經費分配審議委員會秘書作業事項
17.中長程公共建設計畫先期作業彙辦事項