國立學校及附設醫院科職掌如下：
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金概（預）算之籌編、審核及彙辦事項
- 大專校院轉型及退場基金、學產基金與教育部所屬機構作業基金概（預）算之籌劃、編製及審核
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金決算之審核及彙辦事項
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金半年結算報告之審核、彙編
- 國立高級中等學校校務基金概（預）算、決算及半年結算報告之審核
- 運動發展基金概（預）算、決算及半年結算報告之審核
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金會計報告之審核
- 國立高級中等學校校務基金及運動發展基金會計報告之審核
- 教育部所屬機構作業基金會計報告、半年結算報告、決算之彙編及審核事項
- 離島建設基金與花東地區永續發展基金經費撥付及會計報表編製事項
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金補助款之核撥、憑證審核事項
- 國立大學校院校務基金、附設醫院作業基金與國立高級中等學校校務基金分期實施計畫及收支估計之核定事項
- 大專校院轉型及退場基金、學產基金與教育部所屬機構作業基金分期實施計畫及收支估計之彙編及審核事項
- 國立大學校院校務基金、附設醫院作業基金、國立高級中等學校校務基金與教育部所屬機構作業基金保留案件之核定事項
- 國立大學校院校務基金、附設醫院作業基金、國立高級中等學校校務基金與教育部所屬機構作業基金補辦預算之核定或核轉事項
- 國立大學校院校務基金、附設醫院作業基金與教育部所屬機構作業基金會計制度之研訂及疑義核釋
- 國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金5,000萬元以上營建工程補助總量管制事項
- 國立大學校院校務基金、附設醫院作業基金與國立高級中等學校校務基金5,000萬元以上營建工程預算籌編會議彙整事項（不含重大公共建設計畫部分）
- 附屬單位預算相關法令、制度之研擬及修訂
- 附屬單位預算相關資料之彙整及分析
- 年度抽查本部所機關（構）學校預算執行情形之規劃事項
- 國立大學校院、附設醫院作業基金與教育部所屬機構作業基金資本支出預算變更、緩辦、停辦之會辦事項
- 審計部對國立大學校院與附設醫院作業基金財務收支及決算所提審核通知之聲復事項
|