國立學校及附設醫院科職掌如下：
1.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金概(預)之籌編、審核及彙辦事項
2.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金決算之籌編、審核及彙辦事項
3.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金半年結算報告之審核、彙編
4.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金會計報告之審核、彙編
5.國立大學校院校務基金及附設醫院作業基金歲計及會計之督導
6.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金補助款之核撥、憑證審核事項
7.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金分期實施計畫及收支估計之核定事項
8.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金保留案件之核定事項
9.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金補辦預算之核定或核轉事項
10.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金會計制度之核轉事項
11.國立大學校院校務基金與附設醫院作業基金5,000萬元以上營建工程補助總量管制事項
12.本部主管機關學校5,000萬元以上營建工程預算籌編事項（不含重大公共建設計畫部分）
13.附屬單位預算相關法令、制度之研擬及修訂
14.附屬單位預算相關資料之彙整及分析
15.國立高級中等學校校務基金及離島建設基金歲計及會計之督導
16.有關年度抽查機關學校預算執行情形之規劃與彙辦