嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心1月21日公布我國確診首例境外移入嚴重特殊傳染性肺炎個案，將疫情等級由第3級提升為第2級，指揮中心宣布，自即日起提升中國大陸武漢市旅遊疫情建議至第3級警告(Warning)，提醒民眾如非必要應避免前往當地。教育部也呼籲寒假、春節期間於中國大陸地區從事旅遊、探親、學術交流等活動的教職員工生，務必對該疾病提高警覺，保持良好衛生習慣，落實各項防護及自我健康管理措施，降低感染風險，以確保個人健康。
教育部為因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情發展，前於1月13日及15日函請各級學校、各直轄市政府教育局及各縣市政府、部屬機關(構)及本部各單位運用多元管道加強教職員工生正確防疫觀念，並成立本部應變工作小組。教育部提醒教職員工生防疫相關注意事項如下：
(一)在當地期間
1.落實肥皂勤洗手、咳嗽戴口罩等個人防護措施。
2.避免出入販售活體動物的市場或當地醫療院所等高風險公共場所。
3.避免接觸活體動物及動物屍體。
4.避免食用生肉及生蛋。
5.如出現類流感（如發燒≧38℃、咳嗽等）症狀，應戴上口罩並儘快就醫。
(二)返國後
1.返國入境時如出現發燒或類流感症狀，應主動告知航空公司人員及機場港口檢疫人員。
2.返家後如出現上述症狀，立即撥打防疫專線1922，並戴上口罩儘快就醫，就醫時告知醫師旅遊史、接觸史及不適症狀等。
3.生病在家休息，不出門，減少或避免與他人接觸。
4.咳嗽或打噴嚏時，使用紙巾或衣袖遮住口鼻。
5.有呼吸道症狀應持續戴口罩。
教育部已將學校衛生資訊網（https://cpd.moe.gov.tw/）、國教署學生事務及校園安全組網站（http://203.68.64.40/six/main/board1/index.aspx）與疾管署專區網站連結，請各級學校持續關注疫情發展及各項防疫工作，亦於「大陸地區學生輔導專區」、「赴陸教育交流活動及研修學分登錄平臺公告欄」等網站提醒大陸地區學位生及交換生注意疫情及防範感染。除此之外，也配合中央指揮中心提醒國立大學附設醫院落實各項感染管制、防護及應變整備措施，俾降低感染可能性，維護師生及民眾健康。
教育部再次呼籲教職員生如近期前往中國大陸區域，應落實相關防護措施，返國入境時及14日內如出現發燒或類流感症狀，應撥打免付費防疫專線1922(或0800-001922)並戴上口罩儘速就醫；各級學校、各直轄市政府教育局及各縣(市)政府、部屬機關(構)應隨時注意疫情相關訊息，並可至教育部網站或衛生福利部疾病管制署首頁（ https://www.cdc.gov.tw/）查詢相關疫情及中、英文宣導素材。