配合教育部組織改造，自102年起，綜合規劃司將原秘書室業務增加原教研會業務及體育司之學校衛生業務，並將原教育研究委員會有關原住民及少數族群教育業務成立1個科辦理，爰共計有6科，分別為綜合企劃科、研究發展科、管制考核科、新聞及國會聯絡科、學校衛生科、原住民族及少數族群教育科，並督導國家教育研究院1個部屬機構。
各科業務職掌及聯絡電話可參閱「業務簡介」之「各科業務職掌簡介」。