教師自100年5月1日適用勞動三法後，有關公立學校教師的雇主認定，教育部與行政院勞工委員會（今勞動部）已達成協商結果「視協商事項權責認定團體協約協商主體」，並於101年5月14日、101年8月27日及102年3月20日函送「因應教師工會團體協約協商訴求之SOP作業流程圖」，籲請各地方政府，因應各地方教師工會團體提出團體協約協商要求，籌組協商團隊，並強化各地方政府及學校勞政知能及談判訓練。是以，教育部重視並極力配合推動勞動教育及人權教育，保障教師組織工會之權利，以配合團體協約協商需求。
為因應教師適用勞動三法為教育場域的一大變革，教育部為強化各級公(私)立學校及主管教育行政機關相關人員勞動三法的相關知能，於102年7月19日、7月26日及8月2日，辦理中、南、北（含東部）三區「公立學校及直轄市、縣（市）政府因應教師適用勞動三法說明會」，約150人參與。
近來，受到少女子化的影響，許多私立學校面臨經營上的困境，在因應困境過程中，或產生相關勞資糾紛，而影響私立學校教師的工作權益及私立學校的校園安定。為保障私立學校教師勞動權益，教育部於103年3月8日、3月15日、3月22日及3月29日，辦理北、中、南、東等四區「提升各級私立學校教師勞動三法知能說明會」，主要參與對象為各級私立學校教師，約150人參與。
教育部於104年度補助全國教師工會總聯合會辦理「104年團體協約暨勞資爭議實務研習實施計畫」、補助中華民國中小學校長協會辦理「104年度學校行政人員工會法精進種子講師培訓工作坊」研討會、補助全國家長團體聯盟辦理「104年度家長組織認識教師工會適用之勞動三法研習」，加強各團體因應勞動三法之勞政關係和諧之相關專業知能，並期以平等同理的立場進行專業團體協約之協商。
教育部對於地方政府及教師工會依勞動三法進行團體協約協商，教育部予以尊重主管機關之權責，希望在團體公開透明協商過程中，應本諸互相了解需求，在合法、合理、合情的範疇中達成共識，並能在維護學生受教權、維持學校順利運作，並兼顧教師的權益的原則下，達到多贏的局面。